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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 生物背景的人，学习分子模拟需要补充什么知识？
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shjwu

新虫 (初入文坛)

[交流] 生物背景的人，学习分子模拟需要补充什么知识？ 已有4人参与

我学生物出身，主要做微生物天然产物和生物转化等方面的研究。出于对生物分子模拟的兴趣和对研究工作的一些设想，一直想学习生物分子模拟。但我们学校没有人懂这个，找不到人教。目前利用在国外访学的机会，旁听了一门分子模拟的课。因为这门课是选修课，听的人不多，内容也比较杂，介绍不是很深入，并且由于语言等方面的原因，还在似懂非懂之间徘徊。不过好处是老师提供了MOE等软件供练习，自己也在利用空余时间自学gromacs等软件。但是越是学习，越发现自己懂的太少，很多东西都是知其然不知其所以然，即便会软件操作，也纯粹是依葫芦画瓢，自己的理解并不深刻。
        所以想问问各位大侠，像我这样学生物出身，要想更好地理解生物分子模拟，还应该补充哪些物理、化学和数学知识？有没有人介绍一些入门级的关于分子模拟理论（主要是理论，软件操作我可以自己摸索）方面的教材或书籍？
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1楼 2014-02-20 04:30:29
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yalefield

金虫 (文坛精英)

老汉一枚
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
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月只蓝: 金币+5, 感谢指导！ 2014-02-20 11:06:45
月只蓝: 金币+1, 应助指数+1, 专家考核 2014-02-20 11:07:04
(1) 英国人A. R. Leach
Molecular Modelling ---- Principle and Applications.
十年前俺指点学生物的一个印度人和一个美国人看这本书（当时是第一版），现在伦家一个是印度国家实验室的中层，一个是美国某制药公司的中层。

(2) 德国人J. Gasteiger
Chemoinformatics ---- A Textbook
这相当于他搞的一套“大全”的一个导读。国内有中文版，翻译得比较仓促。

(3) 范波涛等，英文的Computer Chemistry and Molecular Design。高等教育出版社。

(4) 中文，北大徐筱杰（还有小超人侯廷军）的《计算机辅助药物分子设计》，内容比较全。

(5) 后来，魏冬青等写了《分子模拟与计算机辅助药物分子设计》。

建议：先浏览（4）和（5）。然后看（1）和（2）。最后看（3）。
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2楼2014-02-20 09:42:34
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QQ_Q_Q_QQ

新虫 (正式写手)
统计力学
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3楼2014-02-20 11:28:39
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jiangyunying

铜虫 (初入文坛)
★ ★
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月只蓝: 金币+1, 鼓励交流！ 2014-02-20 21:54:33
材料计算学  统计力学
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4楼2014-02-20 16:32:31
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好好学习444

银虫 (小有名气)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
计算机编程语言，gromacs要学c++，批处理脚本用学perl语言
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说好努力的
5楼2015-06-04 13:27:01
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