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shui_zhi_dao铜虫 (小有名气)
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3d qsar pharmacophore generation处理的sd文件到底啥格式啊？ 已有1人参与
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| 本人正在学习ds2.5,按照网上的中文教程做“3d qsar pharmacophore generation”，需要打开3dqsar.sd，但我的ds2.5里偏偏没有这个文件，当然其他的ds文件是有的，但没有教程里说的什么activ，确定性等属性，运行下来，不是说根本找不到药效团，就是说没有活性分子，我加上activ和确定性属性也不行，也是显示没有活性分子。各位仁兄能否指点一二，或者您的ds里有3dqsar.ds或者其他可以运行的ds文件给我发过来，给个完整的截图也行，我好模仿着做一下，哎，自学不容易啊，希望大家能帮助则个。我不知道站内是否可以私下发送文件，如果不行的，可以发我邮箱，xinxiguanliyu@163.com，不胜感激！ |
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shui_zhi_dao
铜虫 (小有名气)
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- 专业: 生物信息学
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月只蓝: 金币+1, 鼓励交流! 2014-02-12 09:16:43
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流! 2014-02-12 09:16:43
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我不是找不到sd文件，在ds2.5的sampls里面也有不少sd文件的，只是做不出教程里的结果，教程里说的很清楚，“配体分子准备:在文件浏览器中，找到并双击打开 3dqsar.sd。在表格浏览器中可以看到一共有 20 行，代表了 20 个分子，这些分子的名字(name)、活性(Activ，可以为 IC50 或 Ki 值)和活性不确定度(Uncert)都已事先输入。”然后进行构象构建，寻找药效团，结果就出来了。只是ds自带的sd文件格式各异，我试了几个，都不成功，个人估计是没有上面说的activ和uncert的缘故，但自行加上也不管用。你说的pubchem数据库我下载了一个sd文件，打开发现格式更加不同，试着运行了一下，也是不成功。 |
3楼2014-02-11 12:51:50
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2楼2014-02-11 11:09:42
