| 查看: 515 | 回复: 2 | |||
shui_zhi_dao铜虫 (小有名气)
|
[求助]
3d qsar pharmacophore generation处理的sd文件到底啥格式啊？ 已有1人参与
|
| 本人正在学习ds2.5,按照网上的中文教程做“3d qsar pharmacophore generation”，需要打开3dqsar.sd，但我的ds2.5里偏偏没有这个文件，当然其他的ds文件是有的，但没有教程里说的什么activ，确定性等属性，运行下来，不是说根本找不到药效团，就是说没有活性分子，我加上activ和确定性属性也不行，也是显示没有活性分子。各位仁兄能否指点一二，或者您的ds里有3dqsar.ds或者其他可以运行的ds文件给我发过来，给个完整的截图也行，我好模仿着做一下，哎，自学不容易啊，希望大家能帮助则个。我不知道站内是否可以私下发送文件，如果不行的，可以发我邮箱，xinxiguanliyu@163.com，不胜感激！ |
回复此楼» 猜你喜欢
求调剂，一志愿 南京航空航天大学大学 ，080500材料科学与工程学硕
已经有4人回复
-
考研调剂
已经有9人回复
-
304材料求调剂
已经有4人回复
-
一志愿郑大085600，310分求调剂
已经有3人回复
-
317求调剂
已经有7人回复
-
复试调剂，一志愿南农083200食品科学与工程
已经有4人回复
-
一志愿太原理工安全工程300分，求调剂
已经有3人回复
-
284求调剂
已经有11人回复
-
食品工程专硕求调剂
已经有3人回复
-
324求调剂
已经有7人回复
» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
★ ★
感谢参与，应助指数 +1
月只蓝: 金币+2, 感谢指导。 2014-02-12 09:16:37
感谢参与，应助指数 +1
月只蓝: 金币+2, 感谢指导。 2014-02-12 09:16:37
|
本帖内容被屏蔽 |
2楼2014-02-11 11:09:42
shui_zhi_dao
铜虫 (小有名气)
- 应助: 0 (幼儿园)
- 金币: 59.4
- 红花: 3
- 帖子: 195
- 在线: 133.6小时
- 虫号: 1425591
- 注册: 2011-10-02
- 专业: 生物信息学
★
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流! 2014-02-12 09:16:43
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流! 2014-02-12 09:16:43
|
我不是找不到sd文件，在ds2.5的sampls里面也有不少sd文件的，只是做不出教程里的结果，教程里说的很清楚，“配体分子准备:在文件浏览器中，找到并双击打开 3dqsar.sd。在表格浏览器中可以看到一共有 20 行，代表了 20 个分子，这些分子的名字(name)、活性(Activ，可以为 IC50 或 Ki 值)和活性不确定度(Uncert)都已事先输入。”然后进行构象构建，寻找药效团，结果就出来了。只是ds自带的sd文件格式各异，我试了几个，都不成功，个人估计是没有上面说的activ和uncert的缘故，但自行加上也不管用。你说的pubchem数据库我下载了一个sd文件，打开发现格式更加不同，试着运行了一下，也是不成功。 |
3楼2014-02-11 12:51:50
