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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » 其他 » autodock 导出的大分子图 pymol 无法显示 cartoon
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super_nan

木虫 (正式写手)

老衲心有所属

[求助] autodock 导出的大分子图 pymol 无法显示 cartoon 已有1人参与

autodock 导出的大分子图 pymol 无法显示 cartoon
autodock 导出的大分子图 pdbqt 本来想结合受体图 在pymol重新做一下图 结果大分子图cartoon显示不出来
我将autodock去水加氢后的大分子pdb文件导入pymol 出现错误

这是不是说明 如果用pymol重新做图的话 需要导入原始的 pdb文件 而autodock处理后的 大分子会有信息不完整的情况呢。。。

求解 感谢大家哦
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人生若只如初见，何事秋风悲画扇
1楼 2014-02-08 14:16:04
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super_nan

木虫 (正式写手)

老衲心有所属
★ ★ ★
月只蓝: 金币+3, 感谢分享研究成果。 2014-02-12 09:13:58
我想我弄明白了 autodock 里面的 pdbqt 对接大分子文件 如果直接用pymol打开 信息不全（缺少蛋白结构的螺旋等等信息） 所以需要先用autodock将大分子pdbqt文件转化为pdb文件 并在Records Info里面Add所有（左面栏的）信息到新文件里面。之后Pymol打开 就不会出现 cartoon 问题了。
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人生若只如初见，何事秋风悲画扇
2楼2014-02-08 14:25:14
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longytu

捐助贵宾 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
super_nan: 金币+5, ★★★★★最佳答案, 多谢 2014-02-09 11:16:36
月只蓝: 金币+2, 感谢指导。 2014-02-12 09:14:11
可以用pymol先打开dlg文件，然后直接打开大分子pdb文件，就可以看二级及三级结构了
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3楼2014-02-08 21:59:59
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一醉解清风

铁虫 (初入文坛)
这问题楼主解决了没？
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4楼2014-07-03 17:53:27
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王胜1992

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
3楼: Originally posted by longytu at 2014-02-08 21:59:59
可以用pymol先打开dlg文件，然后直接打开大分子pdb文件，就可以看二级及三级结构了

亲，pymol是怎么打开dgl格式的

发自小木虫IOS客户端
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5楼2018-11-16 12:27:31
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