应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » 其他 » autodock 导出的大分子图 pymol 无法显示 cartoon
北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
51/1返回列表
查看: 2356  |  回复: 4
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

super_nan

木虫 (正式写手)

老衲心有所属

[求助] autodock 导出的大分子图 pymol 无法显示 cartoon 已有1人参与

autodock 导出的大分子图 pymol 无法显示 cartoon
autodock 导出的大分子图 pdbqt 本来想结合受体图 在pymol重新做一下图 结果大分子图cartoon显示不出来
我将autodock去水加氢后的大分子pdb文件导入pymol 出现错误

这是不是说明 如果用pymol重新做图的话 需要导入原始的 pdb文件 而autodock处理后的 大分子会有信息不完整的情况呢。。。

求解 感谢大家哦
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
人生若只如初见，何事秋风悲画扇
1楼 2014-02-08 14:16:04
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

super_nan

木虫 (正式写手)

老衲心有所属
★ ★ ★
月只蓝: 金币+3, 感谢分享研究成果。 2014-02-12 09:13:58
我想我弄明白了 autodock 里面的 pdbqt 对接大分子文件 如果直接用pymol打开 信息不全（缺少蛋白结构的螺旋等等信息） 所以需要先用autodock将大分子pdbqt文件转化为pdb文件 并在Records Info里面Add所有（左面栏的）信息到新文件里面。之后Pymol打开 就不会出现 cartoon 问题了。
赞一下(1人) 回复此楼
人生若只如初见，何事秋风悲画扇
2楼2014-02-08 14:25:14
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

longytu

捐助贵宾 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
super_nan: 金币+5, ★★★★★最佳答案, 多谢 2014-02-09 11:16:36
月只蓝: 金币+2, 感谢指导。 2014-02-12 09:14:11
可以用pymol先打开dlg文件，然后直接打开大分子pdb文件，就可以看二级及三级结构了
赞一下 回复此楼
3楼2014-02-08 21:59:59
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

一醉解清风

铁虫 (初入文坛)
这问题楼主解决了没？
赞一下 回复此楼
4楼2014-07-03 17:53:27
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

王胜1992

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
3楼: Originally posted by longytu at 2014-02-08 21:59:59
可以用pymol先打开dlg文件，然后直接打开大分子pdb文件，就可以看二级及三级结构了

亲，pymol是怎么打开dgl格式的

发自小木虫IOS客户端
赞一下 回复此楼
5楼2018-11-16 12:27:31
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 super_nan 的主题更新
51/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 085600材料与化工306 +9 z1z2z3879 2026-03-21 10/500 2026-03-27 08:44 by 不吃魚的貓
[考研] 求调剂 +6 林之夕 2026-03-24 6/300 2026-03-27 08:38 by hypershenger
[考研] 材料292调剂 +9 橘颂思美人 2026-03-23 9/450 2026-03-27 08:16 by hypershenger
[考研] 081200-11408-276学硕求调剂 +4 崔wj 2026-03-26 4/200 2026-03-27 08:04 by chemisry
[考研] 303求调剂 +7 元夕元 2026-03-20 8/400 2026-03-26 20:38 by 不吃魚的貓
[考研] 085701环境工程，267求调剂 +4 minht 2026-03-26 4/200 2026-03-26 20:14 by barlinike
[考研] 07化学280分求调剂 +8 722865 2026-03-23 8/400 2026-03-26 20:00 by 不吃魚的貓
[考研] 化学工程085602 305分求调剂 +17 RichLi_ 2026-03-25 17/850 2026-03-26 19:44 by plmuchong
[考研] 生物学学硕，一志愿湖南大学，初试成绩338 +4 YYYYYNNNNN 2026-03-26 4/200 2026-03-26 19:00 by macy2011
[考研] 考研调剂 +8 小蜡新笔 2026-03-26 8/400 2026-03-26 16:18 by dick_runner
[考研] 材料277求调剂 +5 min3 2026-03-24 5/250 2026-03-26 15:13 by zzll406
[考研] 总分293求调剂 +6 加一一九 2026-03-25 8/400 2026-03-26 13:30 by yujianx
[考研] 材料求调剂 +4 .m.. 2026-03-25 4/200 2026-03-25 21:30 by peike
[考研] 302求调剂 +4 锦衣卫藤椒 2026-03-25 4/200 2026-03-25 16:29 by 功夫疯狂
[考研] 0854电子信息求调剂 +7 α____ 2026-03-22 9/450 2026-03-25 13:37 by α____
[考研] 285求调剂 +3 AZMK 2026-03-24 3/150 2026-03-25 12:23 by userper
[考研] 上海电力大学材料防护与新材料重点实验室招收调剂研究生（材料、化学、电化学，环境） +4 我爱学电池 2026-03-23 4/200 2026-03-25 00:59 by 1027_324
[考研] 求调剂院校信息 +6 CX 330 2026-03-21 6/300 2026-03-22 15:25 by 无懈可击111
[考研] 一志愿南大，0703化学，分数336，求调剂 +3 收到VS 2026-03-21 3/150 2026-03-21 18:42 by 学员8dgXkO
[考研] 0703化学297求调剂 +3 Daisy☆ 2026-03-20 3/150 2026-03-21 17:45 by ColorlessPI
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭