应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » 其他 » autodock 导出的大分子图 pymol 无法显示 cartoon
51/1返回列表
查看: 2589  |  回复: 4
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

super_nan

木虫 (正式写手)

老衲心有所属

[求助] autodock 导出的大分子图 pymol 无法显示 cartoon 已有1人参与

autodock 导出的大分子图 pymol 无法显示 cartoon
autodock 导出的大分子图 pdbqt 本来想结合受体图 在pymol重新做一下图 结果大分子图cartoon显示不出来
我将autodock去水加氢后的大分子pdb文件导入pymol 出现错误

这是不是说明 如果用pymol重新做图的话 需要导入原始的 pdb文件 而autodock处理后的 大分子会有信息不完整的情况呢。。。

求解 感谢大家哦
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
人生若只如初见，何事秋风悲画扇
1楼 2014-02-08 14:16:04
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

super_nan

木虫 (正式写手)

老衲心有所属
★ ★ ★
月只蓝: 金币+3, 感谢分享研究成果。 2014-02-12 09:13:58
我想我弄明白了 autodock 里面的 pdbqt 对接大分子文件 如果直接用pymol打开 信息不全（缺少蛋白结构的螺旋等等信息） 所以需要先用autodock将大分子pdbqt文件转化为pdb文件 并在Records Info里面Add所有（左面栏的）信息到新文件里面。之后Pymol打开 就不会出现 cartoon 问题了。
赞一下(1人) 回复此楼
人生若只如初见，何事秋风悲画扇
2楼2014-02-08 14:25:14
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

longytu

捐助贵宾 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
super_nan: 金币+5, ★★★★★最佳答案, 多谢 2014-02-09 11:16:36
月只蓝: 金币+2, 感谢指导。 2014-02-12 09:14:11
可以用pymol先打开dlg文件，然后直接打开大分子pdb文件，就可以看二级及三级结构了
赞一下 回复此楼
3楼2014-02-08 21:59:59
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

一醉解清风

铁虫 (初入文坛)
这问题楼主解决了没？
赞一下 回复此楼
4楼2014-07-03 17:53:27
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

王胜1992

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
3楼: Originally posted by longytu at 2014-02-08 21:59:59
可以用pymol先打开dlg文件，然后直接打开大分子pdb文件，就可以看二级及三级结构了

亲，pymol是怎么打开dgl格式的

发自小木虫IOS客户端
赞一下 回复此楼
5楼2018-11-16 12:27:31
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 super_nan 的主题更新
51/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[基金申请] 娱乐 +3 Tide man 2026-08-03 3/150 2026-08-04 09:58 by gltch
[基金申请] 面上提前没消息，有中的吗 +14 archvillain 2026-08-02 17/850 2026-08-04 09:46 by archvillain
[硕博家园] 售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.54,科目全,可伽急 +3 f1dmPx051StA 2026-08-03 7/350 2026-08-04 09:31 by v1TJC4qJauAB
[博后之家] 售SCI-T0P文章，我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 jRl3mE6ddZGq 2026-08-03 5/250 2026-08-04 09:27 by v1TJC4qJauAB
[教师之家] 售SCI一区文章，我:8O5.5.1.O5.4,科目全,可伽急 +4 jRl3mE6ddZGq 2026-08-03 10/500 2026-08-04 09:26 by v1TJC4qJauAB
[博后之家] 售SCI一区文章，我:8O5.5.1.O5.4,科目全,可伽急 +4 cu9Nq1xK233Z 2026-08-03 9/450 2026-08-04 09:17 by v1TJC4qJauAB
[教师之家] 售SCI一区文章，我:8.O.551.O.5.4,科目全,可伽急 +5 cu9Nq1xK233Z 2026-08-03 10/500 2026-08-04 09:15 by v1TJC4qJauAB
[基金申请] 系统今天又提示维护了，估计离放榜不远了 +12 winnerche 2026-07-29 16/800 2026-08-04 08:18 by Equinoxhua
[有机交流] 一个有机合成实验室都需要哪些设备？ 50+3 kf2781974 2026-07-31 10/500 2026-08-04 08:05 by 88817753
[找工作] 售SCI一区文章，我:8.O.551.O.5.4,科目全,可伽急 +3 cu9Nq1xK233Z 2026-08-03 9/450 2026-08-04 07:37 by k7OM8YghWbkC
[硕博家园] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可+急 +4 cu9Nq1xK233Z 2026-08-03 13/650 2026-08-04 07:30 by k7OM8YghWbkC
[考博] 售SCI一区T0P文章，我:8.O55.1.O.54,科目全,可十急 +3 cu9Nq1xK233Z 2026-08-03 6/300 2026-08-04 06:10 by k7OM8YghWbkC
[硕博家园] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 jRl3mE6ddZGq 2026-08-03 6/300 2026-08-04 04:47 by k7OM8YghWbkC
[公派出国] 售SCI一区文章，我:8.O.551.O.5.4,科目全,可伽急 +3 cu9Nq1xK233Z 2026-08-03 7/350 2026-08-04 04:46 by k7OM8YghWbkC
[考研] 售SCI一区文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可伽急 +3 cu9Nq1xK233Z 2026-08-03 8/400 2026-08-04 03:21 by k7OM8YghWbkC
[基金申请] 什么时候能放榜呀？ +3 Jacob678 2026-08-03 3/150 2026-08-03 16:14 by gltch
[高分子] UV压敏胶开发 +3 ichall 2026-07-30 5/250 2026-08-03 14:40 by Sunrisepay
[基金申请] 面上再次挂了，太难了，躺也躺不了，倦也卷不过，小学校之殇！ +19 低垂的野花 2026-07-31 25/1250 2026-08-03 09:25 by gy116024
[考博] 2027年申博 50+3 射雕英雄胜 2026-07-30 3/150 2026-08-02 09:36 by lfy8008
[基金申请] 你们的时间戳变了吗 +3 archvillain 2026-07-30 4/200 2026-07-30 18:53 by levinzhwen
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭