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super_nan

木虫 (正式写手)

老衲心有所属

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[求助] autodock 导出的大分子图 pymol 无法显示 cartoon 已有1人参与

autodock 导出的大分子图 pdbqt 本来想结合受体图在pymol重新做一下图结果大分子图cartoon显示不出来
我将autodock去水加氢后的大分子pdb文件导入pymol 出现错误

这是不是说明如果用pymol重新做图的话需要导入原始的 pdb文件而autodock处理后的大分子会有信息不完整的情况呢。。。

求解感谢大家哦

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人生若只如初见，何事秋风悲画扇

1楼 2014-02-08 14:16:04

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super_nan

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月只蓝: 金币+3, 感谢分享研究成果。 2014-02-12 09:13:58

我想我弄明白了 autodock 里面的 pdbqt 对接大分子文件如果直接用pymol打开信息不全（缺少蛋白结构的螺旋等等信息）所以需要先用autodock将大分子pdbqt文件转化为pdb文件并在Records Info里面Add所有（左面栏的）信息到新文件里面。之后Pymol打开就不会出现 cartoon 问题了。