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秋风2009

铜虫 (初入文坛)

[求助] 求解惑,利用MS能模拟分子量几千万的高分子聚合物吗? 已有4人参与

求解惑,利用MS能模拟分子量几千万的高分子聚合物吗?如果只取聚合物几个节数来模拟,模拟结果与实际是否会相差很大?这个问题一直困扰着我,求解惑,谢谢!
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茹此无声

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖


感谢参与,应助指数 +1
月只蓝: 金币+1, 感谢指导 2014-02-02 13:43:58
应该不行,会很卡,可以模拟超级胞再扩展!

[ 发自小木虫客户端 ]
人类一思考,上帝就发笑。
2楼2014-02-02 10:40:56
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smutao

禁虫 (著名写手)

感谢参与,应助指数 +1
本帖内容被屏蔽

3楼2014-02-02 18:35:54
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秋风2009

铜虫 (初入文坛)

引用回帖:
2楼: Originally posted by 茹此无声 at 2014-02-02 10:40:56
应该不行,会很卡,可以模拟超级胞再扩展!

谢谢!我的意思是,几千万分子量的高聚合物与相同的低分子量的低聚物在溶液中表现的性质应该是不同的,但在模拟时许多研究人员采用低聚的方式研究高聚物,其研究结果能否有代表性,与实际是否有很大差距,说实际一点,模拟结果是否有意义,有价值。
4楼2014-02-03 07:43:47
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秋风2009

铜虫 (初入文坛)

引用回帖:
3楼: Originally posted by smutao at 2014-02-02 18:35:54
楼主,你觉得要研究一个水库是把所有的水取出来研究容易,还是取一杯水出来容易?

谢谢!我明白您的意思。但对聚合物来说,高聚物的性质与相同的低聚物应该是不同的,而且相差可能会很大,但在模拟时许多研究人员采用低聚度来代替高聚,模拟结果是否有代表性,或者说,是否有价值、有意义。
5楼2014-02-03 07:48:45
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smutao

禁虫 (著名写手)

本帖内容被屏蔽

6楼2014-02-03 09:35:46
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chentg

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
一般研究次序是:先一个单元模拟,如结果与实验结果不符,再扩大模拟,没有人一开始就对高聚物进行模拟,除非,你的服务器强悍。
我为人人,人人为我。
7楼2014-02-03 12:11:01
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lsloneil

专家顾问 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
月只蓝: 金币+3, 鼓励交流 2014-02-04 19:01:12
引用回帖:
4楼: Originally posted by 秋风2009 at 2014-02-02 11:43:47
谢谢!我的意思是,几千万分子量的高聚合物与相同的低分子量的低聚物在溶液中表现的性质应该是不同的,但在模拟时许多研究人员采用低聚的方式研究高聚物,其研究结果能否有代表性,与实际是否有很大差距,说实际一 ...

高分子体系不适合用all-atom MD模拟,不光是计算量的问题,主要是因为高分子体系的势能面非常复杂,local minimum (就是小坑)非常多,如果不升温的话估计体系就掉在某个亚稳态里出不来了。甚至对于有些高分子体系来说势能面上没有一个最稳定的状态,只有若干个能量差不多亚稳态,做MD根本得不到最稳定构象。

但是可以用DPD来模拟高分子的一些性质,这个取决于你DPD的力场,Martini是目前用得比较多得。其他研究高分子体系的结构包括DFT(所谓流体密度泛函是也)和SCFT,这方面我不太了解。

对于只有几个单链的低聚物可以用all-atom MD,算算rdf什么的也没问题。但要把你低聚物得到的性质推广到高聚物,这个就不太好说了,具体看你需要得到什么性质吧。
8楼2014-02-04 15:23:07
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