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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » Vasp&MedeA » 氢键可以可以通过电子结构，电荷密度和ELF看出来吗（审稿意见）？
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cenwanglai

荣誉版主 (知名作家)

老和山猥琐派九段

优秀版主

[求助] 氢键可以可以通过电子结构，电荷密度和ELF看出来吗（审稿意见）？ 已有3人参与

Comments: the author said “The  Cl  ion  seems  to  be  attracted  by  the  HO  group  through  the hydrogen bond and be restored to the (H-O, Cl-Ce1) conformation without energy barrier.” The electronic structure and charge density as well as the electronic localization functional analysis of the interaction of Cl ion and HO group are needed to explain this point.

背景是这样的：HCl在CeO2表面解离吸附，H吸附在表面O上形成OH,与吸附在临近的Ce1和次临近的Ce2上的Cl之间形成氢键，分别为(HO,Cl-Ce1)和(HO-Cl,Ce2).
计算结果表明，从(HO,Cl-Ce2)构型到(HO-Cl,Ce1)构型为无能垒自发过程.

审稿人说要从：1. electronic sturcture; 2. charge density 和 3. ELF三个角度来解释这一点。

请问这里面有什么道道？审稿人想要知道什么？

[ Last edited by cenwanglai on 2014-1-27 at 08:17 ]
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1楼 2014-01-26 21:20:58
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cenwanglai

荣誉版主 (知名作家)

老和山猥琐派九段

优秀版主
引用回帖:
3楼: Originally posted by franch at 2014-01-28 23:31:20
1. electronic sturcture;    他想了解两种结构电子结构的区别，，   算出来的电子结构没区别，说明是等效结构（就电子结构而言），那就通过这一关了！

2. charge density       他想了解界面电子密度的区别，， ...

我粗算了一下，然后就做了一个不谨慎的猜测。
这篇文章我已经修改完了，投稿后一周接受。

NEB计算确实有可能跳过能垒，需要对自己计算的体系比较熟悉，才会避开这种失误。
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5楼2014-03-10 20:23:52
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查看全部 6 个回答

dxcharlary

专家顾问 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
cenwanglai: 金币+5, ★★★很有帮助, 谢谢！ 2014-01-27 08:18:22
franch: 金币+2, 谢谢回帖交流 2014-01-28 23:11:15
ELF可以，不过只是典型的氢键可以。
以NH3为例，在N-H-N线上，你会发现是类似N： H-N的模式，也就是说N-H之间有电子云成键，另外一个N附近有孤对指向H。
我对表面不是很熟悉，你这个我帮不上忙。
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2楼2014-01-26 22:58:16
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franch

版主 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
cenwanglai: 金币+5, ★★★很有帮助, 谢谢回复！ 2014-03-10 20:22:02
1. electronic sturcture;    他想了解两种结构电子结构的区别，，   算出来的电子结构没区别，说明是等效结构（就电子结构而言），那就通过这一关了！

2. charge density       他想了解界面电子密度的区别，，同上，  算出来的电荷密度没区别，，那就说明没有发生电荷转移！

3. ELF，，同2问

另外，，你计算出来的没有能垒，，是用NEB吗？
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遇弱则弱
3楼2014-01-28 23:31:20
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亚楠

至尊木虫 (知名作家)

追逐幸福的人

【答案】应助回帖

★ ★
cenwanglai: 金币+2, ★有帮助, JPCC 2014-03-10 20:24:13
相对来说不是很难，需要在优化的基础上把数据处理一下就可以了，好好改吧！祝福！楼主投了那个杂志？
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我的人生注定了有你陪伴，我们的生活会越来越美好，加油！
4楼2014-02-03 07:42:59
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