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pull命令 已有2人参与
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做了好多都不太成功。我想让离子恒速不恒力通过离子通道。每次都停在质心。请问有什么参数设置可以令离子不在质心停留？？ [ 发自手机版 http://muchong.com/3g ] |
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4楼2014-02-03 17:31:36
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小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流 2014-01-23 23:40:45
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流 2014-01-23 23:40:45
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1、你不把你的 mdp文件贴出来，你让大家去猜你怎么设置的吗？ 2、好吧我猜一下，肯定是没有设置好MPD文件里的参数。 3、贴一段我用过的 ; Pull code pull = umbrella pull_geometry = direction ;你把你的这个选项也改成这个吧 pull_dim = N N Y ；我是要沿着z方向pull，改成你自己的方向即可 pull_start = yes pull_ngroups = 1 pull_group0 = ref ；这个组是参考组，你得提前自己设置好，这一项一定要检查好 pull_group1 = pull-atom pull_rate1 = 7.5e-5 ; 7.5e-5 nm per ps = 0.075 nm per ns ；设置速度不要太快，根据你要拉动的距离和模拟时间来确定，出现你说的问题，是不是模拟时间不够长呢？ pull_k1 = 1000 ; kJ mol^-1 nm^-2 pull_vec1 = 0.0 0.0 1.0 pull_nstxout = 1000 ; every 20 ps pull_nstfout = 1000 ; every 20 ps |
2楼2014-01-23 16:55:28
3楼2014-01-27 17:37:04