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铁虫 (正式写手)

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[交流] pull命令已有2人参与

做了好多都不太成功。我想让离子恒速不恒力通过离子通道。每次都停在质心。请问有什么参数设置可以令离子不在质心停留？？

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]

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1楼 2014-01-23 15:32:06

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jiaoyixiong

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小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流 2014-01-23 23:40:45

1、你不把你的 mdp文件贴出来，你让大家去猜你怎么设置的吗？
2、好吧我猜一下，肯定是没有设置好MPD文件里的参数。

3、贴一段我用过的

; Pull code
pull          = umbrella
pull_geometry = direction             ;你把你的这个选项也改成这个吧
pull_dim       = N N Y                   ；我是要沿着z方向pull，改成你自己的方向即可
pull_start    = yes
pull_ngroups = 1
pull_group0    = ref             ；这个组是参考组，你得提前自己设置好，这一项一定要检查好
pull_group1    = pull-atom
pull_rate1    = 7.5e-5    ; 7.5e-5 nm per ps = 0.075 nm per ns ；设置速度不要太快，根据你要拉动的距离和模拟时间来确定，出现你说的问题，是不是模拟时间不够长呢？
pull_k1       = 1000    ; kJ mol^-1 nm^-2
pull_vec1    = 0.0 0.0 1.0
pull_nstxout = 1000    ; every 20 ps
pull_nstfout = 1000    ; every 20 ps

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2楼2014-01-23 16:55:28

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引用回帖:

2楼: Originally posted by jiaoyixiong at 2014-01-23 16:55:28
1、你不把你的 mdp文件贴出来，你让大家去猜你怎么设置的吗？
2、好吧我猜一下，肯定是没有设置好MPD文件里的参数。

3、贴一段我用过的

; Pull code
pull = umbrella
pull_geometry = dire ...

我按你的写仍然不行，在离子通道质心处摆动。

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3楼2014-01-27 17:37:04

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