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北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
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3115321

专家顾问

优秀！！有木有！！！优秀！！有木有！！！优秀！！有木有！！！优秀！！有木有！！！

[交流] pull命令 已有2人参与

做了好多都不太成功。我想让离子恒速不恒力通过离子通道。每次都停在质心。请问有什么参数设置可以令离子不在质心停留？？

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
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1楼 2014-01-23 15:32:06
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3115321

主管区长

优秀！！有木有！！！优秀！！有木有！！！优秀！！有木有！！！优秀！！有木有！！！
引用回帖:
2楼: Originally posted by jiaoyixiong at 2014-01-23 16:55:28
1、你不把你的 mdp文件贴出来，你让大家去猜你怎么设置的吗？
2、好吧我猜一下，肯定是没有设置好MPD文件里的参数。

3、贴一段我用过的


; Pull code
pull            = umbrella
pull_geometry   = dire ...

我按你的写仍然不行，在离子通道质心处摆动。
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3楼2014-01-27 17:37:04
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jiaoyixiong

禁虫
★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流 2014-01-23 23:40:45
1、你不把你的 mdp文件贴出来，你让大家去猜你怎么设置的吗？
2、好吧我猜一下，肯定是没有设置好MPD文件里的参数。

3、贴一段我用过的


; Pull code
pull            = umbrella
pull_geometry   = direction              ;你把你的这个选项也改成这个吧
pull_dim        = N N Y                     ；我是要沿着z方向pull，改成你自己的方向即可
pull_start      = yes      
pull_ngroups    = 1
pull_group0     = ref               ；这个组是参考组，你得提前自己设置好，这一项一定要检查好
pull_group1     = pull-atom
pull_rate1      = 7.5e-5     ; 7.5e-5 nm per ps = 0.075 nm per ns   ；设置速度不要太快，根据你要拉动的距离和模拟时间来确定，出现你说的问题，是不是模拟时间不够长呢？
pull_k1         = 1000      ; kJ mol^-1 nm^-2
pull_vec1          = 0.0 0.0 1.0
pull_nstxout    = 1000      ; every 20 ps
pull_nstfout    = 1000      ; every 20 ps
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2楼2014-01-23 16:55:28
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QQ_Q_Q_QQ

实习版主

优秀！！有木有！！！优秀！！有木有！！！优秀！！有木有！！！优秀！！有木有！！！
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
如果要恒速，那把弹簧系数弄大点就可以了。
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4楼2014-02-03 17:31:36
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