24小时热门版块排行榜    

北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
查看: 462  |  回复: 3
当前只显示满足指定条件的回帖,点击这里查看本话题的所有回帖

3115321

专家顾问

优秀!!有木有!!!优秀!!有木有!!!优秀!!有木有!!!优秀!!有木有!!!

[交流] pull命令 已有2人参与

做了好多都不太成功。我想让离子恒速不恒力通过离子通道。每次都停在质心。请问有什么参数设置可以令离子不在质心停留??

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
回复此楼

» 猜你喜欢

已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

3115321

主管区长

优秀!!有木有!!!优秀!!有木有!!!优秀!!有木有!!!优秀!!有木有!!!

引用回帖:
2楼: Originally posted by jiaoyixiong at 2014-01-23 16:55:28
1、你不把你的 mdp文件贴出来,你让大家去猜你怎么设置的吗?
2、好吧我猜一下,肯定是没有设置好MPD文件里的参数。

3、贴一段我用过的


; Pull code
pull            = umbrella
pull_geometry   = dire ...

我按你的写仍然不行,在离子通道质心处摆动。
3楼2014-01-27 17:37:04
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 4 个回答

jiaoyixiong

禁虫

★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流 2014-01-23 23:40:45
1、你不把你的 mdp文件贴出来,你让大家去猜你怎么设置的吗?
2、好吧我猜一下,肯定是没有设置好MPD文件里的参数。

3、贴一段我用过的


; Pull code
pull            = umbrella
pull_geometry   = direction              ;你把你的这个选项也改成这个吧
pull_dim        = N N Y                     ;我是要沿着z方向pull,改成你自己的方向即可
pull_start      = yes      
pull_ngroups    = 1
pull_group0     = ref               ;这个组是参考组,你得提前自己设置好,这一项一定要检查好
pull_group1     = pull-atom
pull_rate1      = 7.5e-5     ; 7.5e-5 nm per ps = 0.075 nm per ns   ;设置速度不要太快,根据你要拉动的距离和模拟时间来确定,出现你说的问题,是不是模拟时间不够长呢?
pull_k1         = 1000      ; kJ mol^-1 nm^-2
pull_vec1          = 0.0 0.0 1.0
pull_nstxout    = 1000      ; every 20 ps
pull_nstfout    = 1000      ; every 20 ps
2楼2014-01-23 16:55:28
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

QQ_Q_Q_QQ

实习版主

优秀!!有木有!!!优秀!!有木有!!!优秀!!有木有!!!优秀!!有木有!!!


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
如果要恒速,那把弹簧系数弄大点就可以了。
4楼2014-02-03 17:31:36
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
普通表情 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 一志愿 南京航空航天大学 ,080500材料科学与工程学硕 +7 @taotao 2026-03-31 7/350 2026-04-01 07:47 by 无际的草原
[考研] 271求调剂 +10 勒布朗@ 2026-03-31 12/600 2026-04-01 07:25 by sunshine0013
[考研] 各位老师好,我的一志愿为北京科技大学085601材料专硕 +12 Koxui 2026-03-28 12/600 2026-03-31 23:17 by wwytracy
[考博] 26申博 +4 加油冲啊! 2026-03-26 4/200 2026-03-31 22:42 by greychen00
[考研] 290分调剂求助 +10 吉祥止止陈 2026-03-25 10/500 2026-03-31 17:54 by 544594351
[考研] 08开头看过来!!! +3 wwwwffffff 2026-03-31 5/250 2026-03-31 17:45 by 星光/
[考研] 263求调剂 +3 DDDDuu 2026-03-27 3/150 2026-03-31 16:21 by 土木硕士招生
[考研] 求收留 +8 1943443204 2026-03-28 8/400 2026-03-31 15:00 by -迷了路啊路
[考研] 085404 22408 315分 +5 zhuangyan123 2026-03-31 6/300 2026-03-31 13:48 by limeifeng
[考研] 0703化学 +20 妮妮ninicgb 2026-03-27 20/1000 2026-03-31 13:33 by 无际的草原
[考研] 085602化工求调剂(331分) +8 111@127 2026-03-30 8/400 2026-03-30 21:23 by 研究僧导导
[考研] 327求调剂 +5 小卡不卡. 2026-03-29 5/250 2026-03-30 19:30 by Wang200018
[考研] 317分 一志愿南理工材料工程 本科湖工大 求调剂 +12 芋泥小铃铛 2026-03-28 12/600 2026-03-30 17:06 by wangjy2002
[考研] 275求调剂 +15 Micky11223 2026-03-25 20/1000 2026-03-29 20:44 by 唐沐儿
[考研] 298求调剂 +3 种圣赐 2026-03-29 3/150 2026-03-29 12:06 by longlotian
[考研] 085602 化工专硕 338分 求调剂 +12 路痴小琪 2026-03-27 12/600 2026-03-28 15:41 by L135790
[考研] 352分 化工与材料 +5 海纳百川Ly 2026-03-27 5/250 2026-03-28 03:39 by fmesaito
[考研] 一志愿上海理工能源动力(085800)310分求调剂 +3 zhangmingc 2026-03-27 4/200 2026-03-27 19:01 by 给你你注意休息
[考研] 266分求材料化工冶金矿业等专业的调剂 +4 哇呼哼呼哼 2026-03-26 4/200 2026-03-27 17:02 by zhyzzh
[考研] 环境专硕324分求调剂推荐 +5 轩小宁—— 2026-03-26 5/250 2026-03-26 12:05 by i_cooler
信息提示
请填处理意见