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求教Cobra工具箱中采用MOMA进行单反应敲除的使用方法
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如题，最近用Matlab中的Cobra工具箱进行单个反应的的敲除模拟，发现单反应的敲除模拟函数中可以使用MOMA方法，但是一直不能正确使用，求教各位大侠！！！单个反应敲除的MOMA模拟我会做，关键是如何对模型的每个反应都进行单反应敲除的MOMA模拟，我运行后的结果如下： 运行函数为：[grRatio,grRateKO,grRateWT,hasEffect,delRxn,fluxSolution] = singleRxnDeletion(model，MOMA) 运行结果为： ??? Input argument "modelWT" is undefined. Error in ==> MOMA at 106 [nMets1,nRxns1] = size(modelWT.S); 求教各位，我如何定义"modelWT" ？？？？？？ 单反应的敲除模拟函数如下： function [grRatio,grRateKO,grRateWT,hasEffect,delRxn,fluxSolution] = singleRxnDeletion(model,method,rxnList,verbFlag) %singleRxnDeletion Performs single reaction deletion analysis using FBA, %MOMA or linearMOMA % %INPUT % model COBRA model structure including reaction names % %OPTIONAL INPUTS % method Either 'FBA', 'MOMA', or 'lMOMA' (Default = 'FBA') % rxnList List of reactions to be deleted (Default = all reactions) % verbFlag Verbose output (Default = false) % %OUTPUTS % grRatio Computed growth rate ratio between deletion strain and wild type % grRateKO Deletion strain growth rates (1/h) % grRateWT Wild type growth rate (1/h) % hasEffect Does a reaction deletion affect anything % delRxn Deleted reacction % fluxSolution FBA/MOMA/lMOMA fluxes for KO strains % % Richard Que 12/04/2009 % Based on singleGeneDeletion.m written by Markus Herrgard |
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