| 查看: 639 | 回复: 2 | ||
[求助]
求教Cobra工具箱中采用MOMA进行单反应敲除的使用方法
|
|
如题，最近用Matlab中的Cobra工具箱进行单个反应的的敲除模拟，发现单反应的敲除模拟函数中可以使用MOMA方法，但是一直不能正确使用，求教各位大侠！！！单个反应敲除的MOMA模拟我会做，关键是如何对模型的每个反应都进行单反应敲除的MOMA模拟，我运行后的结果如下： 运行函数为：[grRatio,grRateKO,grRateWT,hasEffect,delRxn,fluxSolution] = singleRxnDeletion(model，MOMA) 运行结果为： ??? Input argument "modelWT" is undefined. Error in ==> MOMA at 106 [nMets1,nRxns1] = size(modelWT.S); 求教各位，我如何定义"modelWT" ？？？？？？ 单反应的敲除模拟函数如下： function [grRatio,grRateKO,grRateWT,hasEffect,delRxn,fluxSolution] = singleRxnDeletion(model,method,rxnList,verbFlag) %singleRxnDeletion Performs single reaction deletion analysis using FBA, %MOMA or linearMOMA % %INPUT % model COBRA model structure including reaction names % %OPTIONAL INPUTS % method Either 'FBA', 'MOMA', or 'lMOMA' (Default = 'FBA') % rxnList List of reactions to be deleted (Default = all reactions) % verbFlag Verbose output (Default = false) % %OUTPUTS % grRatio Computed growth rate ratio between deletion strain and wild type % grRateKO Deletion strain growth rates (1/h) % grRateWT Wild type growth rate (1/h) % hasEffect Does a reaction deletion affect anything % delRxn Deleted reacction % fluxSolution FBA/MOMA/lMOMA fluxes for KO strains % % Richard Que 12/04/2009 % Based on singleGeneDeletion.m written by Markus Herrgard |
回复此楼» 猜你喜欢
**
已经有1人回复
-
0702一志愿吉大B区求调剂 本科期间发表一篇Sci
已经有3人回复
-
物理学I论文润色/翻译怎么收费?
已经有191人回复
-
基底STO,薄膜SRO，XRD里面的振荡，是laue震荡还是kiessig振荡? 怎么判断？
已经有2人回复
-
B区学生调剂-兰州交通大学材料科学与工程学院
已经有11人回复
-
山西大同大学物理学专业还有调剂名额，欢迎调剂！
已经有13人回复
-
桂林理工大学物理学专业招收调剂
已经有13人回复
-
VASP 的一组 GPU / CPU 基准测试记录
已经有0人回复
-
美国顶级物理期刊《应用物理快报》（APL）的编辑欺骗和歧视作者及AIP的官僚主义傲慢
已经有6人回复
-
津理工大学晶体材料全国重点实验室刘红军教授课题组招收博士生一名
已经有0人回复
2楼2015-04-29 14:04:10
|
本帖内容被屏蔽 |
3楼2017-02-22 15:24:46
