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jmcookie

金虫 (小有名气)

[求助] 求教Cobra工具箱中采用MOMA进行单反应敲除的使用方法

如题,最近用Matlab中的Cobra工具箱进行单个反应的的敲除模拟,发现单反应的敲除模拟函数中可以使用MOMA方法,但是一直不能正确使用,求教各位大侠!!!单个反应敲除的MOMA模拟我会做,关键是如何对模型的每个反应都进行单反应敲除的MOMA模拟,我运行后的结果如下:
运行函数为:[grRatio,grRateKO,grRateWT,hasEffect,delRxn,fluxSolution] = singleRxnDeletion(model,MOMA)
运行结果为:
??? Input argument "modelWT" is undefined.
Error in ==> MOMA at 106
[nMets1,nRxns1] = size(modelWT.S);

求教各位,我如何定义"modelWT" ??????

单反应的敲除模拟函数如下:
function [grRatio,grRateKO,grRateWT,hasEffect,delRxn,fluxSolution] = singleRxnDeletion(model,method,rxnList,verbFlag)
%singleRxnDeletion Performs single reaction deletion analysis using FBA,
%MOMA or linearMOMA
%
%INPUT
% model         COBRA model structure including reaction names
%
%OPTIONAL INPUTS
% method        Either 'FBA', 'MOMA', or 'lMOMA' (Default = 'FBA')
% rxnList       List of reactions to be deleted (Default = all reactions)
% verbFlag      Verbose output (Default = false)
%
%OUTPUTS
% grRatio       Computed growth rate ratio between deletion strain and wild type
% grRateKO      Deletion strain growth rates (1/h)
% grRateWT      Wild type growth rate (1/h)
% hasEffect     Does a reaction deletion affect anything
% delRxn        Deleted reacction
% fluxSolution  FBA/MOMA/lMOMA fluxes for KO strains
%
% Richard Que 12/04/2009
% Based on singleGeneDeletion.m written by Markus Herrgard
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战略核潜艇

新虫 (初入文坛)

求大神指点如何安装,看了n多教程。越看越晕
2楼2015-04-29 14:04:10
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jinyu212

禁虫 (初入文坛)

本帖内容被屏蔽

3楼2017-02-22 15:24:46
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