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staventchoke

铁杆木虫 (著名写手)

[求助] 无定型聚合物Cell的构建 已有2人参与

请教群里MS模拟的高手,我采用amorphous cell在构建无定型聚合物cell时,lattice type为默认的cubic,构建的cell 发现一个问题,聚合物总有一半处于立方体cell外面,cell同样有一半是空的,不知这对模拟有何负面影响,以及如何使聚合物链置之于在cell里面?
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xuexijisuan Amorphous cell

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大叔、博士、单身
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xujc1983

木虫 (著名写手)

苦逼青椒一枚

引用回帖:
5楼: Originally posted by staventchoke at 2014-01-24 10:43:00
你好,我也注意到设置变更后,只是显示改变而已,因为在cell里面,有多个独立的重复单元或者说一个单元,所以请问如何设置整个display style?谢谢...

整个display style?
你想表达什么意思?
6楼2014-01-24 13:01:24
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xujc1983

木虫 (著名写手)

苦逼青椒一枚

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流 2014-01-21 18:14:33
staventchoke: 金币+5, ★★★★★最佳答案 2014-01-21 19:22:41
仅仅是显示问题。可以在右键,display style中设置lattice为in-cell形式
这样的问题貌似在版里很多了
2楼2014-01-21 16:23:57
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staventchoke

铁杆木虫 (著名写手)


月只蓝: 金币+1, 鼓励交流 2014-01-22 10:09:19
引用回帖:
2楼: Originally posted by xujc1983 at 2014-01-21 16:23:57
仅仅是显示问题。可以在右键,display style中设置lattice为in-cell形式
这样的问题貌似在版里很多了

谢谢,刚才我依据您的建议,对cell设置,如实包在整个格子里面,而之前的设置为original,但是这样,我觉得出现了一个新问题,设置为in-cell模式后,是否意味着给cell增加了力,使之置于cell里面,在original模式下,聚合物链处于自由伸展态。
大叔、博士、单身
3楼2014-01-21 19:22:30
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xujc1983

木虫 (著名写手)

苦逼青椒一枚

【答案】应助回帖

★ ★
月只蓝: 金币+2, 鼓励交流 2014-01-24 13:06:04
引用回帖:
3楼: Originally posted by staventchoke at 2014-01-21 19:22:30
谢谢,刚才我依据您的建议,对cell设置,如实包在整个格子里面,而之前的设置为original,但是这样,我觉得出现了一个新问题,设置为in-cell模式后,是否意味着给cell增加了力,使之置于cell里面,在original模式下 ...

不是的,你要注意整个设置是display style,仅仅只是显示而已。
举个例子说,假设original的情况是
……|AB|AB|AB|AB……,||括起来的表示是一个cell,那么这个是周期性重复的真是情况,但实际上你建模的时候只有一个A和B,original的情况可能是A和B不在一个cell里比如说A  |  B,而in-cell形式则是通过周期重复把A或者B根据周期性放到一个cell里 |AB|
不知道有没有说清楚,总之一句话,改的仅仅只是显示方式
4楼2014-01-24 10:38:01
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