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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » MS » 无定型聚合物Cell的构建
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staventchoke

铁杆木虫 (著名写手)

[求助] 无定型聚合物Cell的构建 已有2人参与

请教群里MS模拟的高手，我采用amorphous cell在构建无定型聚合物cell时，lattice type为默认的cubic，构建的cell 发现一个问题，聚合物总有一半处于立方体cell外面，cell同样有一半是空的，不知这对模拟有何负面影响，以及如何使聚合物链置之于在cell里面？
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xuexijisuan Amorphous cell

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大叔、博士、单身
1楼 2014-01-21 10:52:48
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xujc1983

木虫 (著名写手)

苦逼青椒一枚

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流 2014-01-21 18:14:33
staventchoke: 金币+5, ★★★★★最佳答案 2014-01-21 19:22:41
仅仅是显示问题。可以在右键，display style中设置lattice为in-cell形式
这样的问题貌似在版里很多了
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2楼2014-01-21 16:23:57
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staventchoke

铁杆木虫 (著名写手)
★
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流 2014-01-22 10:09:19
引用回帖:
2楼: Originally posted by xujc1983 at 2014-01-21 16:23:57
仅仅是显示问题。可以在右键，display style中设置lattice为in-cell形式
这样的问题貌似在版里很多了

谢谢，刚才我依据您的建议，对cell设置，如实包在整个格子里面，而之前的设置为original，但是这样，我觉得出现了一个新问题，设置为in-cell模式后，是否意味着给cell增加了力，使之置于cell里面，在original模式下，聚合物链处于自由伸展态。
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大叔、博士、单身
3楼2014-01-21 19:22:30
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xujc1983

木虫 (著名写手)

苦逼青椒一枚

【答案】应助回帖

★ ★
月只蓝: 金币+2, 鼓励交流 2014-01-24 13:06:04
引用回帖:
3楼: Originally posted by staventchoke at 2014-01-21 19:22:30
谢谢，刚才我依据您的建议，对cell设置，如实包在整个格子里面，而之前的设置为original，但是这样，我觉得出现了一个新问题，设置为in-cell模式后，是否意味着给cell增加了力，使之置于cell里面，在original模式下 ...

不是的，你要注意整个设置是display style，仅仅只是显示而已。
举个例子说，假设original的情况是
……|AB|AB|AB|AB……，||括起来的表示是一个cell，那么这个是周期性重复的真是情况，但实际上你建模的时候只有一个A和B，original的情况可能是A和B不在一个cell里比如说A  |  B，而in-cell形式则是通过周期重复把A或者B根据周期性放到一个cell里 |AB|
不知道有没有说清楚，总之一句话，改的仅仅只是显示方式
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4楼2014-01-24 10:38:01
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staventchoke

铁杆木虫 (著名写手)
引用回帖:
4楼: Originally posted by xujc1983 at 2014-01-24 10:38:01
不是的，你要注意整个设置是display style，仅仅只是显示而已。
举个例子说，假设original的情况是
……|AB|AB|AB|AB……，||括起来的表示是一个cell，那么这个是周期性重复的真是情况，但实际上你建模的时候只有 ...

你好，我也注意到设置变更后，只是显示改变而已，因为在cell里面，有多个独立的重复单元或者说一个单元，所以请问如何设置整个display style？谢谢
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大叔、博士、单身
5楼2014-01-24 10:43:00
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xujc1983

木虫 (著名写手)

苦逼青椒一枚
引用回帖:
5楼: Originally posted by staventchoke at 2014-01-24 10:43:00
你好，我也注意到设置变更后，只是显示改变而已，因为在cell里面，有多个独立的重复单元或者说一个单元，所以请问如何设置整个display style？谢谢...

整个display style？
你想表达什么意思？
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6楼2014-01-24 13:01:24
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staventchoke

铁杆木虫 (著名写手)
★
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流 2014-01-29 22:01:46
引用回帖:
6楼: Originally posted by xujc1983 at 2014-01-24 13:01:24
整个display style？
你想表达什么意思？...

如你所述，如果不设置，聚合物链没有包含在cell里面，也就是cell里面的空间很大，设置后，也只是视觉上显示，cell里面空间一样没有变化，计算free volume后，发现其比例很大，这是怎么回事？
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大叔、博士、单身
7楼2014-01-24 13:53:41
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xujc1983

木虫 (著名写手)

苦逼青椒一枚
★
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流 2014-01-29 22:02:00
引用回帖:
7楼: Originally posted by staventchoke at 2014-01-24 13:53:41
如你所述，如果不设置，聚合物链没有包含在cell里面，也就是cell里面的空间很大，设置后，也只是视觉上显示，cell里面空间一样没有变化，计算free volume后，发现其比例很大，这是怎么回事？...

自由体积的比例高跟是不是在cell里显示没有关系吧
你可以试试，在相同的精度下不同的lattice显示方式计算得到的自由体积应该是一样的
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8楼2014-01-29 21:58:04
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staventchoke

铁杆木虫 (著名写手)
引用回帖:
8楼: Originally posted by xujc1983 at 2014-01-29 21:58:04
自由体积的比例高跟是不是在cell里显示没有关系吧
你可以试试，在相同的精度下不同的lattice显示方式计算得到的自由体积应该是一样的...

谢谢，不过在MS软件计算出，确实比较大，可能与格子优化不好相关，祝：春节快乐！
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大叔、博士、单身
9楼2014-01-30 09:56:54
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秋风2009

铜虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

★
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流！ 2014-02-12 16:32:32
MS能模拟几千万分子量的高分子聚合物吗？如果只采用很少的分子数，能代表实际情况吗？
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10楼2014-02-02 08:13:30
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