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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » MS » 无定型聚合物Cell的构建
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staventchoke

铁杆木虫 (著名写手)

[求助] 无定型聚合物Cell的构建 已有2人参与

请教群里MS模拟的高手，我采用amorphous cell在构建无定型聚合物cell时，lattice type为默认的cubic，构建的cell 发现一个问题，聚合物总有一半处于立方体cell外面，cell同样有一半是空的，不知这对模拟有何负面影响，以及如何使聚合物链置之于在cell里面？
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xuexijisuan Amorphous cell

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大叔、博士、单身
1楼 2014-01-21 10:52:48
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xujc1983

木虫 (著名写手)

苦逼青椒一枚

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流 2014-01-21 18:14:33
staventchoke: 金币+5, ★★★★★最佳答案 2014-01-21 19:22:41
仅仅是显示问题。可以在右键，display style中设置lattice为in-cell形式
这样的问题貌似在版里很多了
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2楼2014-01-21 16:23:57
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xujc1983

木虫 (著名写手)

苦逼青椒一枚

【答案】应助回帖

★ ★
月只蓝: 金币+2, 鼓励交流 2014-01-24 13:06:04
引用回帖:
3楼: Originally posted by staventchoke at 2014-01-21 19:22:30
谢谢，刚才我依据您的建议，对cell设置，如实包在整个格子里面，而之前的设置为original，但是这样，我觉得出现了一个新问题，设置为in-cell模式后，是否意味着给cell增加了力，使之置于cell里面，在original模式下 ...

不是的，你要注意整个设置是display style，仅仅只是显示而已。
举个例子说，假设original的情况是
……|AB|AB|AB|AB……，||括起来的表示是一个cell，那么这个是周期性重复的真是情况，但实际上你建模的时候只有一个A和B，original的情况可能是A和B不在一个cell里比如说A  |  B，而in-cell形式则是通过周期重复把A或者B根据周期性放到一个cell里 |AB|
不知道有没有说清楚，总之一句话，改的仅仅只是显示方式
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4楼2014-01-24 10:38:01
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xujc1983

木虫 (著名写手)

苦逼青椒一枚
引用回帖:
5楼: Originally posted by staventchoke at 2014-01-24 10:43:00
你好，我也注意到设置变更后，只是显示改变而已，因为在cell里面，有多个独立的重复单元或者说一个单元，所以请问如何设置整个display style？谢谢...

整个display style？
你想表达什么意思？
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6楼2014-01-24 13:01:24
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xujc1983

木虫 (著名写手)

苦逼青椒一枚
★
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流 2014-01-29 22:02:00
引用回帖:
7楼: Originally posted by staventchoke at 2014-01-24 13:53:41
如你所述，如果不设置，聚合物链没有包含在cell里面，也就是cell里面的空间很大，设置后，也只是视觉上显示，cell里面空间一样没有变化，计算free volume后，发现其比例很大，这是怎么回事？...

自由体积的比例高跟是不是在cell里显示没有关系吧
你可以试试，在相同的精度下不同的lattice显示方式计算得到的自由体积应该是一样的
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8楼2014-01-29 21:58:04
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xujc1983

木虫 (著名写手)

苦逼青椒一枚
引用回帖:
10楼: Originally posted by 秋风2009 at 2014-02-02 08:13:30
MS能模拟几千万分子量的高分子聚合物吗？如果只采用很少的分子数，能代表实际情况吗？

应该说很不合理吧
聚合物手册中队常见的聚合物应该有个特征因子，据此可以算出几千万分子量的聚合物应该至少以多少个重复单元构造的分子模型来模拟才是合理的
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11楼2014-02-02 23:29:55
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xujc1983

木虫 (著名写手)

苦逼青椒一枚
引用回帖:
12楼: Originally posted by staventchoke at 2014-02-04 21:07:20
请问具体的聚合物手册书籍么？...

handbook of polymer
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13楼2014-02-05 22:55:06
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xujc1983

木虫 (著名写手)

苦逼青椒一枚
引用回帖:
14楼: Originally posted by staventchoke at 2014-02-05 23:12:47
谢谢？英文版本？...

是的，在MS里关于聚合物构造的例子里有大体上的描述
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15楼2014-02-07 16:31:15
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