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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » MS » 无定型聚合物Cell的构建
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staventchoke

铁杆木虫 (著名写手)

[求助] 无定型聚合物Cell的构建 已有2人参与

请教群里MS模拟的高手，我采用amorphous cell在构建无定型聚合物cell时，lattice type为默认的cubic，构建的cell 发现一个问题，聚合物总有一半处于立方体cell外面，cell同样有一半是空的，不知这对模拟有何负面影响，以及如何使聚合物链置之于在cell里面？
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大叔、博士、单身
1楼 2014-01-21 10:52:48
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豆豆sk8

银虫 (小有名气)
引用回帖:
21楼: Originally posted by staventchoke at 2014-12-11 11:23:19
有呀
...

非常感谢，还有一些问题就一块问了。。。。
1、我模拟的体系包含一个聚合物1700个单体，6000个甲醇分子，1000个醋酸乙烯分子，共约9000分子（聚合物按照单体算），80000个原子，这样的体系MS能计算么，我这边是用刀片算的；
2、我是要构造一个包含聚合物和分子的盒子，那么我的退火过程是应该在构建盒子之前还是先构建盒子再退火呢？
3、还有就是我看大家模拟过程中做MD都是先NVT后NPT或者先NPT后NVT，这两个哪个更准确一些呢，原理是什么呢？

望不吝赐教啊~~非常感谢~~
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Justskate
22楼2014-12-11 17:56:16
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xujc1983

木虫 (著名写手)

苦逼青椒一枚

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流 2014-01-21 18:14:33
staventchoke: 金币+5, ★★★★★最佳答案 2014-01-21 19:22:41
仅仅是显示问题。可以在右键，display style中设置lattice为in-cell形式
这样的问题貌似在版里很多了
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2楼2014-01-21 16:23:57
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staventchoke

铁杆木虫 (著名写手)
★
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流 2014-01-22 10:09:19
引用回帖:
2楼: Originally posted by xujc1983 at 2014-01-21 16:23:57
仅仅是显示问题。可以在右键，display style中设置lattice为in-cell形式
这样的问题貌似在版里很多了

谢谢，刚才我依据您的建议，对cell设置，如实包在整个格子里面，而之前的设置为original，但是这样，我觉得出现了一个新问题，设置为in-cell模式后，是否意味着给cell增加了力，使之置于cell里面，在original模式下，聚合物链处于自由伸展态。
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大叔、博士、单身
3楼2014-01-21 19:22:30
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xujc1983

木虫 (著名写手)

苦逼青椒一枚

【答案】应助回帖

★ ★
月只蓝: 金币+2, 鼓励交流 2014-01-24 13:06:04
引用回帖:
3楼: Originally posted by staventchoke at 2014-01-21 19:22:30
谢谢，刚才我依据您的建议，对cell设置，如实包在整个格子里面，而之前的设置为original，但是这样，我觉得出现了一个新问题，设置为in-cell模式后，是否意味着给cell增加了力，使之置于cell里面，在original模式下 ...

不是的，你要注意整个设置是display style，仅仅只是显示而已。
举个例子说，假设original的情况是
……|AB|AB|AB|AB……，||括起来的表示是一个cell，那么这个是周期性重复的真是情况，但实际上你建模的时候只有一个A和B，original的情况可能是A和B不在一个cell里比如说A  |  B，而in-cell形式则是通过周期重复把A或者B根据周期性放到一个cell里 |AB|
不知道有没有说清楚，总之一句话，改的仅仅只是显示方式
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4楼2014-01-24 10:38:01
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