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Blast对比miRNA序列的错配性问题
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本人是初学者。看到南京大学张辰宇教授的论文，关于植物miRNA在动物内的跨界调控，对这方面有点兴趣。 我的思路是，将植物的miRNA序列与动物的mRNA进行互补匹配。老师建议我将miRNA序列先转化为匹配的序列 比如：MIR168a UCGCUUGGUGCAGAUCGGGAC 匹配序列 AGCGAACCACGTCTAGCCCTG 按道理miRNA是与mRNA互补配对导致基因沉默，因此miRNA的匹配序列应该是和对应的mRNA相同或者相似的  所以我就利用NCBI在线的BLAST工具，将 匹配序列 AGCGAACCACGTCTAGCCCTG 输入到 也就是说比如 AGCGAACCACG T CTAGCCCTG AGCGAACCACG G CTAGCCCTG 上面是我输入的序列，下面是寻找到的序列，按道理这个相似度很高了 只有空格地方的T和G不同，但是结果并不这么显示，结果允许错配 因此， 结果只会显示AGCGAACCACG AGCGAACCACG 错配处就不显示了，且后面的序列也不显示了，这样的话，就会导致结果很不准确，本来这个目标序列得分应该很高，但却由于错配了一个仅仅显示了一部分片段  ，我也不知道在NCBI在线的BLAST工具在哪儿能调错配个数，求各位大神 |
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