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fuzhenghaha

新虫 (初入文坛)

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专业: 基因表达调控与表观遗传学

[求助] Blast对比miRNA序列的错配性问题

本人是初学者。看到南京大学张辰宇教授的论文，关于植物miRNA在动物内的跨界调控，对这方面有点兴趣。
我的思路是，将植物的miRNA序列与动物的mRNA进行互补匹配。老师建议我将miRNA序列先转化为匹配的序列
比如：MIR168a UCGCUUGGUGCAGAUCGGGAC
匹配序列 AGCGAACCACGTCTAGCCCTG
按道理miRNA是与mRNA互补配对导致基因沉默，因此miRNA的匹配序列应该是和对应的mRNA相同或者相似的

所以我就利用NCBI在线的BLAST工具，将匹配序列 AGCGAACCACGTCTAGCCCTG 输入到

，然后点Blast与人的mRNA进行匹配，结果发现结果都没有错配情况，
也就是说比如 AGCGAACCACG T CTAGCCCTG
                     AGCGAACCACG G CTAGCCCTG
      上面是我输入的序列，下面是寻找到的序列，按道理这个相似度很高了只有空格地方的T和G不同，但是结果并不这么显示，结果允许错配
因此，  结果只会显示AGCGAACCACG
                              AGCGAACCACG  错配处就不显示了，且后面的序列也不显示了，这样的话，就会导致结果很不准确，本来这个目标序列得分应该很高，但却由于错配了一个仅仅显示了一部分片段