| 查看: 1182 | 回复: 0 | ||
hongxiaoyu铜虫 (小有名气)
|
[求助]
关于Autodock修改金属参数以及如何提高精度，降低RMSD值的问题......
|
|
这个好像不少人问过，但是看了好多回答还是不大懂...求大牛指教 我已经能成功对接了，但是修改的只有电荷的参数，在pdbqt文件中—— 根据文献把Zn离子的电荷从0.0变成0.95e了... 但是，文献中还给了其他的参数，比如原子半径之类的，这些应该在哪儿改了？还是说Autodock4不需要修改这些了么？ 此外，根据重对接的结果，RMSD值能量最优的那个构想和参比分子达到了2.5.... 虽然在生成50个构想中有RMSD小于2的，但是看对接结果的好坏，是不是以最优的构想作为标准来看？.....所以RMSD是不是大了点？ 那么如果要做的更好的话，减少RMSD值的话，需要调整哪些参数呢？ 真心的请教大牛..本人新人一只///谢谢啦 |
回复此楼» 猜你喜欢
有多少人是今天查系统知道结果的？
已经有12人回复
-
国合里面能看到了
已经有7人回复
-
系统查不到
已经有4人回复
-
国际合作可查了，中了面上
已经有18人回复
-
能否退出参与的面上项目解除限项
已经有25人回复
-
科研孤儿太难了
已经有21人回复
-
系统进不去
已经有5人回复
-
2026年的国家社科基金项目通讯评审的新规则与新动向、新挑战
已经有8人回复
-
项目信息和经费信息在系统里都可以看到了
已经有14人回复
-
怎么看青基中了没有啊
已经有4人回复
» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
找到一些相关的精华帖子，希望有用哦~
Autodock对接构象准确性的评价——RMSD
已经有10人回复
- 【求助】关于RMSD的计算
已经有4人回复
- 【在线答疑】UCSF DOCK分子对接和虚拟筛选
已经有42人回复
- 【原创】AutoDock使用笔记总结－原创始发
已经有32人回复
点击这里搜索更多相关资源科研从小木虫开始，人人为我，我为人人
28