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hongxiaoyu

铜虫 (小有名气)

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专业: 药物设计与药物信息

[求助] 关于Autodock修改金属参数以及如何提高精度，降低RMSD值的问题......

这个好像不少人问过，但是看了好多回答还是不大懂...求大牛指教

我已经能成功对接了，但是修改的只有电荷的参数，在pdbqt文件中——
根据文献把Zn离子的电荷从0.0变成0.95e了...

但是，文献中还给了其他的参数，比如原子半径之类的，这些应该在哪儿改了？还是说Autodock4不需要修改这些了么？

此外，根据重对接的结果，RMSD值能量最优的那个构想和参比分子达到了2.5....
虽然在生成50个构想中有RMSD小于2的，但是看对接结果的好坏，是不是以最优的构想作为标准来看？.....所以RMSD是不是大了点？

那么如果要做的更好的话，减少RMSD值的话，需要调整哪些参数呢？
真心的请教大牛..本人新人一只///谢谢啦

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