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ysx0226

金虫 (小有名气)

[求助] 请教RNAseq前期样品的配置 已有1人参与

最近要做一种植物关于盐的胁迫的转录组,包括其不同耐性品种的筛选,实验是水培的
请教:
1.取样的时期应该怎么选择,是不是苗越小越好,只要取样的量能够满足就行
2.怎么确定取样的部位,地上还是地下部分,是不是找到应激反映最强烈的组织,做根部的可以么
3.怎么在盐的浓度梯度中选择测序需要的处理组,不同品种是不是应该选择相同的处理浓度,或者有什么指标之类的
4.处理的时间怎么选,是等性状表现了巨大的差异再提RNA还是短时间处理就可以取样了
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woody196

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★
ysx0226(西门吹雪170代发): 金币+2, 鼓励回帖交流 2014-04-02 08:28:42
取样时期最好是能够包括植物生长发育的各个时期最好而不是越小越好,因为幼苗时期可能植物的一些基因都还没有表达,最好是根茎叶不同时期的都有,你处理的盐浓度肯定各个组中应该是一致的不然后期怎么作对比,我觉得植物对盐胁迫应该是有一个响应的过程吧,所以肯定不能处理完很快就取样,最起码看出有些差异时候在取样这样后期的结果应该会更好一点~~
2楼2014-04-02 08:12:27
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