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wjmed

木虫 (正式写手)

应助: 2 (幼儿园)
金币: 2795.1
帖子: 812
在线: 50.4小时
虫号: 96805

[资源] 【推荐】免费同源模建软件——模拟蛋白侧链结构

对于同源模建，Modeller是最经典的同源模建软件，对学术用户免费：
http://salilab.org/modeller/
swiss-model服务器也可以进行在线模建：
http://swissmodel.expasy.org//SWISS-MODEL.html

这里，对于蛋白质的侧链模建，推荐一款新的软件： SCWRL
SCWRL目前版本为3.0，由Dunbrack教授实验室开发，对学术用户免费，可以从下面申请，在半天内就可以收到下载链接的邮件。一般下载链接有效期为5天。
http://dunbrack.fccc.edu/SCWRL3.php

当然，在其实验室还有很多其他免费工具：
MolIDE：同源模建的图形操作界面。需要通过电子邮件申请下载链接
http://dunbrack.fccc.edu/molide/molide.php

XML2PDB ：由pdb文件中提取结构信息，由pdbaa，pdbnt文件中提取序列信息等。
不需要注册，直接下载。链接：
Linux：http://dunbrack.fccc.edu/xml2pdb_dl/xml2pdb_lin.tar.gz
Windows：http://dunbrack.fccc.edu/xml2pdb_dl/xml2pdb_win.zip

ProtBuD是PDB数据库的衍生库，需要注册获取下载链接：
http://dunbrack.fccc.edu/ProtBuD/ProtBuD.php

如果觉得这个对于研究能有一些启发作用，希望大家能顶一下！

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