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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » 【推荐】免费同源模建软件——模拟蛋白侧链结构
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wjmed

木虫 (正式写手)

[资源] 【推荐】免费同源模建软件——模拟蛋白侧链结构

对于同源模建，Modeller是最经典的同源模建软件，对学术用户免费：
http://salilab.org/modeller/
swiss-model服务器也可以进行在线模建：
http://swissmodel.expasy.org//SWISS-MODEL.html

这里，对于蛋白质的侧链模建，推荐一款新的软件： SCWRL
SCWRL目前版本为3.0，由Dunbrack教授实验室开发，对学术用户免费，可以从下面申请，在半天内就可以收到下载链接的邮件。一般下载链接有效期为5天。
http://dunbrack.fccc.edu/SCWRL3.php

当然，在其实验室还有很多其他免费工具：
MolIDE：同源模建的图形操作界面。需要通过电子邮件申请下载链接
http://dunbrack.fccc.edu/molide/molide.php

XML2PDB ： 由pdb文件中提取结构信息，由pdbaa，pdbnt文件中提取序列信息等。
不需要注册，直接下载。链接：
Linux：http://dunbrack.fccc.edu/xml2pdb_dl/xml2pdb_lin.tar.gz
Windows：http://dunbrack.fccc.edu/xml2pdb_dl/xml2pdb_win.zip

ProtBuD是PDB数据库的衍生库，需要注册获取下载链接：
http://dunbrack.fccc.edu/ProtBuD/ProtBuD.php

如果觉得这个对于研究能有一些启发作用，希望大家能顶一下！
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1楼 2008-01-09 22:15:50
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谢谢，希望我能搞定
赞一下 回复此楼
4楼2008-09-02 11:00:16
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huiyuli

金虫 (小有名气)

★★★★★ 五星级,优秀推荐

谢谢，资源共享！
回复此楼
2楼2008-01-09 23:53:25
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