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我是传奇456

金虫 (正式写手)

[求助] 求助在载体构建过程中,信号肽与GFP的引物设计、启动子切除以及读码框的问题 已有1人参与

RT,GFP载体已经构建好,现在想引入能够定位亚细胞器的信号肽,特来求助,有如下几个问题:
1.结构方面,信号肽肯定是位于GFP之前,那么,信号肽与GFP是否需要分成两段分别导入载体?还是需要将信号肽与GFP融合成一段后再导入?如果是两段的话,信号肽与GFP之间能否有间隔?
2.引物设计方面,信号肽的下游引物所设计的酶切位点,是否要与GFP的上游引物酶切位点保持一样?
3.关于启动子,我所导入的信号肽并没有ATG这个序列,是否能成功转录?而GFP上自带的ATG启动子是否需要切除掉?不切除的话是否有影响?
4.ORF,一段ORF是否就是从第一个启动子到第一个终止子这一段所表达的内容?如果此ORF中间部分含有启动子是否影响?

盼大神解惑!谢谢!
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lvbobo823

铁杆木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
gyesang: 金币+5, 鼓励交流! 2014-01-08 19:05:01
我是传奇456: 金币+10, 有帮助, 感谢回答!不过还有一些不甚明了。 2014-01-10 10:17:16
我认为做定位你的GFP应与信号肽连在一块。第二问题我觉得只要不产生终止密码子或造成GFP编码的移位,酶切位点无所谓,但你酶切位点不一样怎样连接这两片段?第三,转录没问题;但翻译就不行了。第四,ORF中间有启动子序列影响到通读。
hehe
2楼2014-01-08 18:00:40
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lingbi

银虫 (正式写手)

引用回帖:
2楼: Originally posted by lvbobo823 at 2014-01-08 18:00:40
我认为做定位你的GFP应与信号肽连在一块。第二问题我觉得只要不产生终止密码子或造成GFP编码的移位,酶切位点无所谓,但你酶切位点不一样怎样连接这两片段?第三,转录没问题;但翻译就不行了。第四,ORF中间有启动 ...

这个问题我也不太懂,你能再详细给说说吗,先谢谢了。

1、信号肽+GFP 融合表达,是两个都有ATG呢,还是信号肽加ATG,目的基因GFP可加可不加?
2、信号肽与GFP 连在一起可以PCR,也可以设酶切位用连接吧,只是片段太小好不好连?通常怎么做最合适 我想 酶切位点1+信号肽+酶切位点2+酶切位点3+GFP+酶切位点4  这样既可以PCR又能够连接反应,不知道是否可行?

麻烦高手给解答下呗
3楼2014-01-09 23:13:44
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lvbobo823

铁杆木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

信号肽没有ATG没法翻译成信号肽若你载体上有ATG并且与信号肽序列 in frame可以不用。GFP加吧因为ATG就是一种氨基酸编码对影响不大。片段小也好连。但做搭桥PCR效果会更好些。你这样设计也可以,不过酶切位点过多会很麻烦的,建议在信号肽前加一个酶切位点,GFP后面加一个酶切位点,中间设计个引物让信号肽和GFP重合20bp左右。做一个overlap PCR就可以了
hehe
4楼2014-01-10 10:33:39
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