应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 引物设计实例分析
51/1返回列表
查看: 3054  |  回复: 10
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖

lingbi

银虫 (正式写手)

[求助] 引物设计实例分析 已有1人参与

发现一个很好的引物设计的PPT，传上来跟大家分析一下，同时我有几个点没看懂，也想请明白的朋友给指点一下。
目的：
将plasmid 2上GFP基因扩下来连到plasmid 1 上

GFP基因 5’ATGGTGAGCAAGGGCGAGGAGC …………TCTCGGCATGGACGAGCTGTACAAGTAA  3’
问题一：
Primer1: 5’    ATGGTGAGCAAGGGCGAGGAGC…………..
Primer2: 5’    Sample TextTTACTTGTACAGCTCGTCCATGCCGAGA…….   引物2  TTA为什么去掉？不需要终止密码子吗？
问题二加酶切位点后：
Primer1:  5’ ggatccTATGGTGAGCAAGGGCGAGGA     添加酶切位点后为什么在primer1的酶切位点后面加个 T 呢？是为了三个一组ATG刚好一组吗？为什么加的是T不是别的？
Primer2:  5’gg atc cctCTTGTACAGCTCGTCCATGCC为何在primer2的酶切位点后加CT？这有何讲究？

问题叙述的也许不清楚，请大侠
参看PPT给解释一下吧。谢谢
回复此楼

» 本帖附件资源列表

  • 欢迎监督和反馈：小木虫仅提供交流平台，不对该内容负责。
    本内容由用户自主发布，如果其内容涉及到知识产权问题，其责任在于用户本人，如对版权有异议，请联系邮箱：xiaomuchong@tal.com
  • 附件 1 : 引物设计实例分析.ppt
    • 2014-01-03 15:21:18, 215 K

» 本帖@通知

@cicelyzh

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2014-01-03 15:25:31
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

lingbi

银虫 (正式写手)
引用回帖:
7楼: Originally posted by cicelyzh at 2014-01-06 11:49:42
1. 主要看整体，包括酶切位点和保护碱基。
2. 设计的酶切位点和保护碱基在PCR初期不能与模板配对，所以计算PCR的退火温度时要去掉。过若干循环后，扩增产物的浓度超过原模板，引物中的酶切位点和保护碱基序列可以 ...

非常感谢你的解答，解释的非常清楚，受教了。
设计的时候常提GC含量，这个实例里边好像没怎么看到哪里要额外注意呀？是不是再加上酶切位点、保护碱基的时候引物的GC含量低于60%就不用担心了？
另外，想请教一下，做表达的时候看到大肠杆菌基因型什么的，看不大懂，请问是哪门课程讲的？我不是生物类专业的基础差，还望指点一二。
赞一下 回复此楼
8楼2014-01-07 22:22:49
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 11 个回答

lingbi

银虫 (正式写手)
想了一下，引物设计上密切位点与ATG之间增加碱基是不是考虑密码子移位？可是翻译的时候不是从ATG开始的吗？识别密码子也从这开始，它前面增加碱基不起作用呀？

谁能帮帮忙给说说呀？
赞一下 回复此楼
3楼2014-01-05 09:07:54
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

cicelyzh

铁杆木虫 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
gyesang: 金币+3, 鼓励交流！ 2014-01-05 15:18:33
gyesang: 回帖置顶 2014-01-05 15:18:35
lingbi: 金币+5, ★★★★★最佳答案 2014-01-07 22:14:00
lingbi: 金币+5, ★★★★★最佳答案 2014-01-07 22:14:14
1. TAA是终止密码子，去掉的原因可能是要在基因后面融合表达标签或者其他基因。用后面基因的终止密码子就可以了。
2. 在酶切位点与ATG之间加碱基一般是考虑移码的问题。情况大概是由于在这个基因前面有其他基因或者标签需要融合表达。在基因的反向引物的酶切位点之后加碱基也是考虑移码是问题，大概基因后面有表达标签或者融合蛋白。具体是什么碱基问题不是很大。主要考虑不能形成终止密码子。我想在这里用T的原因可能是调整引物的GC含量。
赞一下(1人) 回复此楼

» 本帖已获得的红花（最新10朵）

lingbi
4楼2014-01-05 11:01:56
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

gyl121

新虫 (正式写手)
恩，学习了，专家说的很透彻嘛，有用，学习
赞一下 回复此楼
不经一番寒彻骨，怎得梅花扑鼻香？为科学进步不懈努力
5楼2014-01-05 22:03:30
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 11 个回答
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[硕博家园] 售SCI-T0P文章，我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 v7Aev8ORQjin 2026-08-22 3/150 2026-08-23 20:58 by 0p9y1isJp2jM
[基金申请] 2026年的国家社科基金项目通讯评审的新规则与新动向、新挑战 +4 process2012 2026-08-23 5/250 2026-08-23 19:58 by jurkat.1640
[考研] 售SCI一区文章，我:8O5.5.1.O5.4,科目全,可伽急 +3 DpSrDtM079iu 2026-08-22 3/150 2026-08-23 19:55 by lXgU0RvNTDC9
[公派出国] 售SCI-T0P文章，我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 2JOx3r2CYEgw 2026-08-22 4/200 2026-08-23 19:22 by lXgU0RvNTDC9
[教师之家] 跳槽后在研项目怎么办？ +5 简单化xn 2026-08-22 10/500 2026-08-23 12:38 by 简单化xn
[考博] 售SCI文章，我:8O.5.5.1O.54,科目全,可十急 +3 DpSrDtM079iu 2026-08-22 3/150 2026-08-23 00:55 by OEbVnUOu01ol
[基金申请] 93BebMhtakh前后11位开头都是大写 +7 且听虎啸 2026-08-17 8/400 2026-08-22 21:55 by 医学老男孩
[基金申请] 范进中举一文的中心思想 +3 炎黄贵胄 2026-08-22 4/200 2026-08-22 20:02 by mycsru
[基金申请] 人气不行了 +8 fansofjerry 2026-08-21 8/400 2026-08-22 16:30 by zyqchem
[基金申请] 今天基金会出结果吗？20260819 +16 kkkl_v 2026-08-19 17/850 2026-08-22 16:12 by 阿布Abu
[基金申请] 时间戳今天，20号变了 +5 archvillain 2026-08-20 5/250 2026-08-22 06:12 by hui_daxiao
[基金申请] 放榜前的不淡定 40+4 snowwithsea 2026-08-19 14/700 2026-08-21 23:51 by cratir
[基金申请] 建议基金发布提前给出明确的时间点 +10 kulium 2026-08-21 13/650 2026-08-21 21:58 by alongwaytogo
[基金申请] 科研孤儿太难了 +17 我4大白菜 2026-08-20 18/900 2026-08-21 20:57 by zhangev
[基金申请] 看来今天不会放榜了？ +8 chengyan1220 2026-08-21 11/550 2026-08-21 17:52 by dcqxinyang
[基金申请] 时间戳又变了 +13 wuchongjun 2026-08-20 19/950 2026-08-21 17:21 by 紫杉醇
[基金申请] 应该是下周三26日公布了吧？ +4 哈哈蛤？ 2026-08-21 4/200 2026-08-21 10:58 by Vivilian
[基金申请] 今天放榜没戏了吧 +9 yuleib84 2026-08-19 11/550 2026-08-21 10:06 by gltch
[基金申请] 朋友圈看到的 +6 wangzilk 2026-08-18 8/400 2026-08-19 10:55 by Haru815
[基金申请] 今天维护系统维护 祝所有人 高中 +8 gjjjzhong 2026-08-18 9/450 2026-08-18 13:01 by 家与远方
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭