应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台» 网络生活区» 有奖问答 » 有奖问答中转子版 » 求助生物信息学问题---如何通过Blast寻找新基因
41/1返回列表
查看: 132  |  回复: 3
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
当前主题已经存档。
【悬赏金币】回答本帖问题，作者longknife将赠送您 8 个金币

longknife

木虫 (小有名气)

[求助] 求助生物信息学问题---如何通过Blast寻找新基因

生物信息学的选修课作业，寻找一个“新基因”，其中有些地方不明白，请教高手。

该作业要求：
1. 找到一个已知功能的蛋白质；
2. 通过tBLASTn找到一个DNA (mRNA)序列；(1) 这个DNA多属少见物种，该DNA (mRNA)序列除了Source外没有任何注释；(2) 通过ORF finder找到该DNA (mRNA)序列所编码的蛋白质；（3）通过Blastp证实该蛋白质与已知功能的蛋白质同源，且要求该Blastp结果中没有该物种的蛋白（说明该序列为新基因）。

有两个问题不太清楚：
1. 什么叫“除了Source外没有其他任何注释”，包括Defination和comment吗，有些标明通过computer pridict的序列是否算新基因，能否举个例子。
2. 做Blastp的时候，结果中是不能有该物种的任何蛋白还是只是不能有你通过ORF Finder找到的蛋白质？

期待高手的帮助，如果能列出详细步骤更好，多谢。
回复此楼

» 猜你喜欢
1楼 2008-01-04 18:50:27
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

Lbubu

银虫 (小有名气)
先坐沙发
回复此楼
2楼2008-01-04 19:07:32
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

Lbubu

银虫 (小有名气)
★ ★
longknife(金币+2,VIP+0):谢谢回答。
先回答第二个问题：做Blastp的时候，结果中是不能有该物种的蛋白，这样可以确定是新基因。如果同源性很高的，也就是说保守性很强的话有可能会有通过ORF Finder找到的蛋白质与之匹配，但是肯定不能是一个物种的。
赞一下(2人) 回复此楼
3楼2008-01-04 19:13:55
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

longknife

木虫 (小有名气)
谢谢楼上，那么请问第一个问题中，什么叫除了Source外没有任何注释，例如？
赞一下 回复此楼
4楼2008-01-05 21:28:39
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 longknife 的主题更新
41/1返回列表
不应助 确定回帖应助 (注意：应助才可能被奖励，但不允许灌水，必须填写15个字符以上)
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 生物学调剂 +5 Surekei 2026-03-21 5/250 2026-03-22 14:39 by tcx007
[考研] 材料工程专硕 348分求调剂 +3 冬辞. 2026-03-17 5/250 2026-03-21 18:47 by 学员8dgXkO
[考研] 0703化学297求调剂 +3 Daisy☆ 2026-03-20 3/150 2026-03-21 17:45 by ColorlessPI
[考研] 266求调剂 +3 哇呼哼呼哼 2026-03-20 3/150 2026-03-21 16:46 by barlinike
[考研] 材料学学硕080502 337求调剂-一志愿华中科技大学 +4 顺顺顺mr 2026-03-18 5/250 2026-03-21 10:22 by luoyongfeng
[考研] 346求调剂[0856] +4 WayneLim327 2026-03-16 7/350 2026-03-21 04:02 by JourneyLucky
[考研] 一志愿中国石油大学（华东） 本科齐鲁工业大学 +3 石能伟 2026-03-17 3/150 2026-03-21 02:22 by JourneyLucky
[考研] 材料 336 求调剂 +3 An@. 2026-03-18 4/200 2026-03-21 01:39 by JourneyLucky
[考研] 一志愿华中科技大学，080502，354分求调剂 +5 守候夕阳CF 2026-03-18 5/250 2026-03-21 01:06 by JourneyLucky
[考研] 350求调剂 +5 weudhdk 2026-03-19 5/250 2026-03-20 22:04 by luoyongfeng
[考研] 北科281学硕材料求调剂 +5 tcxiaoxx 2026-03-20 5/250 2026-03-20 21:35 by laoshidan
[考研] 0817 化学工程 299分求调剂 有科研经历 有二区文章 +22 rare12345 2026-03-18 22/1100 2026-03-20 20:39 by zhukairuo
[考研] 求调剂 +3 eation27 2026-03-20 3/150 2026-03-20 19:32 by JourneyLucky
[考研] 材料与化工专硕调剂 +7 heming3743 2026-03-16 7/350 2026-03-20 19:31 by zhukairuo
[考研] 08工学调剂 +5 用户573181 2026-03-20 5/250 2026-03-20 15:47 by xia_2003
[考研] 293求调剂 +11 zjl的号 2026-03-16 16/800 2026-03-18 08:10 by zhukairuo
[考研] 考研求调剂 +3 橘颂. 2026-03-17 4/200 2026-03-17 21:43 by 有只狸奴
[考研] 085601求调剂 +4 Du.11 2026-03-16 4/200 2026-03-17 17:08 by ruiyingmiao
[考研] 302求调剂 +4 小贾同学123 2026-03-15 8/400 2026-03-17 10:33 by 小贾同学123
[考研] 070300化学学硕求调剂 +6 太想进步了0608 2026-03-16 6/300 2026-03-16 16:13 by kykm678
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭