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求助生物信息学问题---如何通过Blast寻找新基因
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生物信息学的选修课作业，寻找一个“新基因”，其中有些地方不明白，请教高手。 该作业要求： 1. 找到一个已知功能的蛋白质； 2. 通过tBLASTn找到一个DNA (mRNA)序列；(1) 这个DNA多属少见物种，该DNA (mRNA)序列除了Source外没有任何注释；(2) 通过ORF finder找到该DNA (mRNA)序列所编码的蛋白质；（3）通过Blastp证实该蛋白质与已知功能的蛋白质同源，且要求该Blastp结果中没有该物种的蛋白（说明该序列为新基因）。 有两个问题不太清楚： 1. 什么叫“除了Source外没有其他任何注释”，包括Defination和comment吗，有些标明通过computer pridict的序列是否算新基因，能否举个例子。 2. 做Blastp的时候，结果中是不能有该物种的任何蛋白还是只是不能有你通过ORF Finder找到的蛋白质？ 期待高手的帮助，如果能列出详细步骤更好，多谢。 |
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4楼2008-01-05 21:28:39
Lbubu
银虫 (小有名气)
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3楼2008-01-04 19:13:55