求助：lammps非周期边界 - 分子模拟 - LAMMPS/DL_POLY - 第2页小木虫论坛-学术科研互动平台

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11楼2014-01-08 00:53:40

neaper

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引用回帖:

10楼: Originally posted by ysshj at 2014-01-07 21:00:32
人工置顶……
请大家指正。

你的in文件看不出东西来，计算结果是否一样与你体系的原子与盒子的大小相比较有关系的，如果盒子足够大，盒子的边界与原子的边界距离足够远，那么不同边界条件的结果是一样的，只有距离较小时，三者才有区别：s为收缩边界，用于有限尺寸的维度，随原子移动而改变，原子不会跑出边界；f为固定边界，同样用于有限尺寸的维度，模拟时原子可能跑出边界，跑出则程序终止；p周期边界，原子可以周期穿过盒子边界。

12楼2014-01-08 08:26:34

ysshj

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引用回帖:

12楼: Originally posted by neaper at 2014-01-08 08:26:34
你的in文件看不出东西来，计算结果是否一样与你体系的原子与盒子的大小相比较有关系的，如果盒子足够大，盒子的边界与原子的边界距离足够远，那么不同边界条件的结果是一样的，只有距离较小时，三者才有区别：s为收 ...

多谢指点！
这里原子z坐标大概是是 -8.5~14 。
盒子z方向是 -8.5~ 18 。
这属于盒子的边界与原子的边界距离较小吧，结果不一样，但是模拟中原子z坐标好像是一直在 -8.5~14 范围，就是不会超出盒子。
s为收缩边界，我试了一下，好像是在运行中，盒子尺寸比原子坐标大一个SMALL量，和初始设置无关，f则固定为初始设置。
m我没仔细查过边界坐标的值，但根据手册上说的，应该是有下界，可以理解为有最小收缩量吗？
问题：
1、实际上相当于使用f边界时，盒子尺寸设置不同，结果不同，为什么？
2、原子不会超出盒子时，f、m应该一样吧，但好像不一样（盒子的边界与原子的边界距离或大或小）。

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13楼2014-01-08 10:14:45

么么雅

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P是周期性边界条件，f就是Fix。固定边界条件，不能透穿，分子碰到弹回，不能泯灭。
s边界可膨胀，可缩小，NPT。
m最小值，不能无限放大或缩小。
P周期性边界条件，不能与其他合用。
如P（x+,x-两个方向都是p） fs（y+是f，y-是s） fm（z+是f、z-是m）表示

14楼2014-01-09 16:30:27

么么雅

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楼主只在Z方向上把石墨烯固定么，然后再把碳纳米管放在石墨烯上？
顺带问一个问题。
【现在我有run.py /*.in还有什么其他输入文件，现在想在另一台电脑上运行这个模型，用什么语句呢？】

15楼2014-01-09 16:36:01

ysshj

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引用回帖:

15楼: Originally posted by 么么雅 at 2014-01-09 16:36:01
楼主只在Z方向上把石墨烯固定么，然后再把碳纳米管放在石墨烯上？
顺带问一个问题。
【现在我有run.py /*.in还有什么其他输入文件，现在想在另一台电脑上运行这个模型，用什么语句呢？】

多谢指点！
石墨烯有三层，底层完全固定，上面两层没有约束，再上面放碳纳米管。

run.py /*.in我不明白是什么意思。

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16楼2014-01-09 18:32:01

ysshj

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14楼: Originally posted by 么么雅 at 2014-01-09 16:30:27
P是周期性边界条件，f就是Fix。固定边界条件，不能透穿，分子碰到弹回，不能泯灭。
s边界可膨胀，可缩小，NPT。
m最小值，不能无限放大或缩小。
P周期性边界条件，不能与其他合用。
如P（x+,x-两个方向都是p） ...

固定边界条件，分子碰到弹回吗？超出边界就报错跳出了。
m边界：
For example, if the upper z face has a value of 50.0 in the data file, the face will always be positioned at 50.0 or above, even if the maximum z-extent of all the atoms becomes less than 50.0.
可以理解为盒子允许放大，但有设置的最小尺寸吗？

fs（y—是f，y+是s）

[ Last edited by ysshj on 2014-1-10 at 16:49 ]

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17楼2014-01-09 18:37:29

ysshj

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人工置顶。。。
大家把自己的in文件稍微改一下试试呗。

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18楼2014-01-13 15:34:52

ysshj

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月只蓝: 金币+2, 鼓励有价值的讨论 2014-02-15 16:52:26

置顶。。。
我来说明一下。
1、f，s边界下盒子实际尺寸（例如我的例子中的zlo，zhi）是不同的。
2、原子编号由data文件确定。这点请大家指正。
3、不同盒子尺寸下，原子信息存储顺序不一样。这点请大家指正。
可能的证据：
手册：For example, if your atoms extend from 0 to 50,you should not specify the box bounds as -10000 and 10000. This is because LAMMPS uses the specified box size to layout the 3d grid of processors.
试算：dump 123 all custom 1 vx.txt id type vx，看下顺序。
4、猜想：langevin温控中产生的随机力序列是按存储的原子顺序，而不是原子编号施加。这点请大家指正。cpp文件我没太看明白。
于是得到进一步猜想：
不同边界条件或盒子尺寸下，langevin温控的随机力施加情况是不一样的，因此计算结果不一样，这体现了随机性。
我的尝试：
我把fix_langevin.cpp产生随机数的部分注释掉后编译计算程序，不同边界条件或盒子尺寸下计算结果是一样的。NVT系综（采用默认Nose-Hoover温控）下计算结果也是一样的。
请大家指点。

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19楼2014-02-15 16:48:10

ysshj

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20楼2014-02-27 18:56:11