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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » LAMMPS/DL_POLY » 求助：lammps非周期边界
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ysshj

金虫 (小有名气)

[交流] 求助：lammps非周期边界 已有6人参与

向大家请教一下，lammps里的非周期边界f,s,m是什么意思？物理意义是什么？手册上只是形象的描述，不算解释吧。
lammps里其他的命令是怎么利用非周期边界条件的？只是用于原子丢失的判定吗？
假如我设置一个很大的盒子，原子只占里面的很小部分，肯定不会丢失，这时f,s,m下是一样的结果吗？
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一个人要像一支队伍。
1楼 2013-12-24 16:50:16
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ysshj

金虫 (小有名气)
★
月只蓝: 金币+1, 值得讨论 2014-01-09 19:32:26
引用回帖:
12楼: Originally posted by neaper at 2014-01-08 08:26:34
你的in文件看不出东西来，计算结果是否一样与你体系的原子与盒子的大小相比较有关系的，如果盒子足够大，盒子的边界与原子的边界距离足够远，那么不同边界条件的结果是一样的，只有距离较小时，三者才有区别：s为收 ...

多谢指点！
这里原子z坐标大概是是 -8.5~14 。
盒子z方向是 -8.5~ 18 。
这属于盒子的边界与原子的边界距离较小吧，结果不一样，但是模拟中原子z坐标好像是一直在 -8.5~14 范围，就是不会超出盒子。
s为收缩边界，我试了一下，好像是在运行中，盒子尺寸比原子坐标大一个SMALL量，和初始设置无关，f则固定为初始设置。
m我没仔细查过边界坐标的值，但根据手册上说的，应该是有下界，可以理解为有最小收缩量吗？
问题：
1、实际上相当于使用f边界时，盒子尺寸设置不同，结果不同，为什么？
2、原子不会超出盒子时，f、m应该一样吧，但好像不一样（盒子的边界与原子的边界距离或大或小）。
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一个人要像一支队伍。
13楼2014-01-08 10:14:45
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ysshj

金虫 (小有名气)
同行们发表下看法吧，否则我这问题显得特没趣，甚至lammps的非周期边界特没趣。
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一个人要像一支队伍。
2楼2013-12-26 10:04:39
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dyc_2008

捐助贵宾 (著名写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
2楼: Originally posted by ysshj at 2013-12-26 10:04:39
同行们发表下看法吧，否则我这问题显得特没趣，甚至lammps的非周期边界特没趣。

真的很没趣  测测就知道了
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一布福田，二修菩提
3楼2013-12-27 12:48:56
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ysshj

金虫 (小有名气)
★
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流! 2013-12-31 16:21:15
引用回帖:
3楼: Originally posted by dyc_2008 at 2013-12-27 12:48:56
真的很没趣  测测就知道了...

终于有人回复了，感激涕零。
假如我设置一个很大的盒子，原子只占里面的很小部分，肯定不会丢失，这时f,s,m下是不一样的结果。我给Lammps/Mailing Lists发过信息，得到的回复意思应该是结果会一样。
大家如果用到了非周期边界，应该都考虑过这三种的差别吧。我不想给大家什么暗示，只是想知道下大家的结果如何，最后怎么定的边界。
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一个人要像一支队伍。
4楼2013-12-27 15:46:58
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