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求助：lammps非周期边界已有6人参与
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向大家请教一下，lammps里的非周期边界f,s,m是什么意思？物理意义是什么？手册上只是形象的描述，不算解释吧。 lammps里其他的命令是怎么利用非周期边界条件的？只是用于原子丢失的判定吗？ 假如我设置一个很大的盒子，原子只占里面的很小部分，肯定不会丢失，这时f,s,m下是一样的结果吗？ |
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月只蓝: 金币+2, 鼓励有价值的讨论 2014-02-15 16:52:26
月只蓝: 金币+2, 鼓励有价值的讨论 2014-02-15 16:52:26
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置顶。。。 我来说明一下。 1、f，s边界下盒子实际尺寸（例如我的例子中的zlo，zhi）是不同的。 2、原子编号由data文件确定。这点请大家指正。 3、不同盒子尺寸下，原子信息存储顺序不一样。这点请大家指正。 可能的证据： 手册：For example, if your atoms extend from 0 to 50,you should not specify the box bounds as -10000 and 10000. This is because LAMMPS uses the specified box size to layout the 3d grid of processors. 试算：dump 123 all custom 1 vx.txt id type vx，看下顺序。 4、猜想：langevin温控中产生的随机力序列是按存储的原子顺序，而不是原子编号施加。这点请大家指正。cpp文件我没太看明白。 于是得到进一步猜想： 不同边界条件或盒子尺寸下，langevin温控的随机力施加情况是不一样的，因此计算结果不一样，这体现了随机性。 我的尝试： 我把fix_langevin.cpp产生随机数的部分注释掉后编译计算程序，不同边界条件或盒子尺寸下计算结果是一样的。NVT系综（采用默认Nose-Hoover温控）下计算结果也是一样的。 请大家指点。 |
19楼2014-02-15 16:48:10
2楼2013-12-26 10:04:39
3楼2013-12-27 12:48:56
4楼2013-12-27 15:46:58