24小时热门版块排行榜    

查看: 4235  |  回复: 14

清风染翠

金虫 (小有名气)

[求助] 液体粘度的计算 已有2人参与

最近在用MD模拟计算一种液体的粘度,使用fortran编的程序,模拟区域是一个长方体,总共有4096个粒子,三个方向都是周期边界,通过热浴保持体系温度恒定。用Green-Kubo公式计算粘度。模拟的参数都按照文献中给定的,所以我是在复现文献中的结果。但是遇到一个问题。

粘度的积分步数在一万步时,得到的结果与文献中符合很好,当积分步数小于十万步时,结果看起来还可以,但是积分步数在100万步时,结果看起来是要发散的样子,而且不同次模拟得到的100万步图像是不宜氧的,为什么积分步数一长就无法保持结果的收敛和稳定性,有没有人做过或者有什么看法的可以交流一下。
液体粘度的计算
1万.png


液体粘度的计算-1
10万.png


液体粘度的计算-2
100万.png



[ Last edited by 清风染翠 on 2013-12-16 at 14:16 ]
回复此楼

» 收录本帖的淘帖专辑推荐

MD分子动力学 动力学或热力学计算

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐,对您同样有帮助:

已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

lsloneil

专家顾问 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ...
感谢参与,应助指数 +1
清风染翠: 金币+50, ★★★很有帮助 2013-12-17 17:01:58
月只蓝: 金币+2, 感谢指导! 2013-12-18 08:56:53
时间长的话噪音会有些大,可能只需积分到某个时间就可以了。

这篇文章里谈到了这个问题:http://pubs.acs.org/doi/abs/10.1021/jp211952y
如果想进一步研究的话这篇文章的参考文献可能讲的更详细一些。
2楼2013-12-17 10:03:56
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

清风染翠

金虫 (小有名气)

引用回帖:
4楼: Originally posted by zlf9452006 at 2013-12-17 12:38:59
个人认为是由周期性设置引起的。GK方法本来就是由宏观过程推导出来的,加之其本身信噪比极低,其涨落大是必然的。模拟中的周期性在宏观上导致了液体性质在个别方面的显著变化。
建议楼主考虑下非平衡方法,要稳定很 ...

直观上的理解应该是积分步数越多,波动越小,越趋于恒定值。我的三个方向边界都有差不多10个纳米,周期性边界会影星很大吗?非平衡方法已经算过了,就是用couette流算剪切力,现在就是想用Green-Kubo或者Einstein公式计算一遍
6楼2013-12-17 17:09:24
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
普通回帖

清风染翠

金虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by lsloneil at 2013-12-17 10:03:56
时间长的话噪音会有些大,可能只需积分到某个时间就可以了。

这篇文章里谈到了这个问题:http://pubs.acs.org/doi/abs/10.1021/jp211952y
如果想进一步研究的话这篇文章的参考文献可能讲的更详细一些。...

我找到相关文献了,和你说的差不多,谢了.
3楼2013-12-17 11:17:11
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zlf9452006

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
清风染翠: 金币+30, ★★★很有帮助 2013-12-17 17:02:07
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流! 2013-12-18 08:57:07
个人认为是由周期性设置引起的。GK方法本来就是由宏观过程推导出来的,加之其本身信噪比极低,其涨落大是必然的。模拟中的周期性在宏观上导致了液体性质在个别方面的显著变化。
建议楼主考虑下非平衡方法,要稳定很多,也要准确得多。
4楼2013-12-17 12:38:59
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

清风染翠

金虫 (小有名气)

直观上的理解应该是积分步数越多,波动越小,越趋于恒定值。我的三个方向边界都有差不多10个纳米,周期性边界会影星很大吗?非平衡方法已经算过了,就是用couette流算剪切力,现在就是想用Green-Kubo或者Einstein公式计算一遍。
5楼2013-12-17 17:09:09
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zlf9452006

金虫 (小有名气)

引用回帖:
6楼: Originally posted by 清风染翠 at 2013-12-17 17:09:24
直观上的理解应该是积分步数越多,波动越小,越趋于恒定值。我的三个方向边界都有差不多10个纳米,周期性边界会影星很大吗?非平衡方法已经算过了,就是用couette流算剪切力,现在就是想用Green-Kubo或者Einstein公 ...

你可以用一系列不同大小的盒子跑下,看看能不能找到规律

[ 发自小木虫客户端 ]
7楼2013-12-18 04:36:33
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

sciencejoy

新虫 (著名写手)

你跑平衡了吗?
8楼2013-12-18 11:15:09
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

清风染翠

金虫 (小有名气)

引用回帖:
8楼: Originally posted by sciencejoy at 2013-12-18 11:15:09
你跑平衡了吗?

肯定平衡了,宏观上的速度温度应力张量都收敛了
9楼2013-12-18 13:17:31
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

qdykswang

金虫 (著名写手)

是不是步长太大了?减小步长试试发散的步数是否有变化.
化学工程+高分子
10楼2013-12-19 07:23:02
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 清风染翠 的主题更新
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[论文投稿] 二审4个多月了还是Awaiting Reviewer Scores 10+3 纳斯达克ML 2026-10-11 4/200 2026-10-14 17:30 by babero
[有机交流] OpenAI又攻克数学难题了,离AI做有机合成还有多远? +8 wangyl_123 2026-10-10 13/650 2026-10-14 15:12 by zuesli
[基金申请] 申请科研项目纯靠实力能成功吗? 200+4 David1982 2026-10-13 7/350 2026-10-14 14:24 by 13108017953
[教师之家] 课题组会帮你通过考核么? +4 好运来~9527 2026-10-10 7/350 2026-10-13 08:41 by xli1984
[基金申请] 入职后第一次管课题组的专利缴费,对账才发现官费比别人多掏了一倍 +6 13108017953 2026-10-08 6/300 2026-10-12 20:07 by w3w3y3
[公派出国] 售一区SCI文章T0P,我:8O.551.O54,科目全,可十急 +5 qR2AdCWTVtkw 2026-10-09 9/450 2026-10-11 22:34 by XQNyDCa1Tk5n
[公派出国] 售SCI一区文章,我:8O5.5.1.O5.4,科目全,可伽急 +5 qR2AdCWTVtkw 2026-10-09 10/500 2026-10-11 22:26 by XQNyDCa1Tk5n
[找工作] 售SCI一区T0P文章,我:8.O55.1.O.54,科目全,可十急 +5 qR2AdCWTVtkw 2026-10-09 8/400 2026-10-11 22:26 by XQNyDCa1Tk5n
[考博] 售SCI一区T0P文章,我:8.O55.1.O.54,科目全,可十急 +5 qR2AdCWTVtkw 2026-10-09 9/450 2026-10-11 22:15 by XQNyDCa1Tk5n
[考博] 售SCI一区文章,我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可伽急 +3 qR2AdCWTVtkw 2026-10-09 7/350 2026-10-11 22:11 by XQNyDCa1Tk5n
[教师之家] 售SCI一区T0P文章,我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急 (EPI+-1)(金币-50) +5 qR2AdCWTVtkw 2026-10-09 10/500 2026-10-11 14:25 by VOMexwnDzOFZ
[教师之家] 售SCI文章,我:8O.5.5.1O.54,科目全,可十急 (EPI+-1)(金币-50) +4 qR2AdCWTVtkw 2026-10-09 7/350 2026-10-11 14:05 by VOMexwnDzOFZ
[考研] 售SCI文章,我:8O.5.5.1O.54,科目全,可十急 +5 qR2AdCWTVtkw 2026-10-09 8/400 2026-10-11 13:51 by VOMexwnDzOFZ
[硕博家园] 售SCI-T0P文章,我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +5 qR2AdCWTVtkw 2026-10-09 8/400 2026-10-11 13:45 by VOMexwnDzOFZ
[找工作] 售SCI一区T0P文章,我:8O.55.1.O.5.4,科目齐全,可+急 +3 qR2AdCWTVtkw 2026-10-09 7/350 2026-10-11 10:54 by VOMexwnDzOFZ
[找工作] 售SCI一区T0P文章,我:8O.55.1.O.5.4,科目齐全,可+急 +4 qR2AdCWTVtkw 2026-10-09 7/350 2026-10-11 10:34 by VOMexwnDzOFZ
[考博] 招收博士生一名 +3 mandolin 2026-10-10 3/150 2026-10-11 10:21 by 不是山谷!
[公派出国] 售SCI一区T0P文章,我:8O.55.1.O.54,科目全,可伽急 +4 qR2AdCWTVtkw 2026-10-09 4/200 2026-10-11 03:14 by M0zrYVSAnxpE
[有机交流] 各位大佬,路线设计求助 +6 zapen 2026-10-08 8/400 2026-10-10 15:59 by zapen
[有机交流] 我应该选哪条合成路线让实验成功率高一些? +5 jing816y 2026-10-08 9/450 2026-10-10 09:05 by zapen
信息提示
请填处理意见