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chin_jl

铜虫 (小有名气)

[求助] 有没有会做啊 ?我想死的心都有了啊。。。DNA酶切模拟软件。基因三维结构观察等等 已有1人参与

Sample Text


利用软件模拟该基因酶切后的电泳情况,查找该基因是否有已知的三维结构数据,并下载该结构文件,用相关软件观察,分析该蛋白有无MHC-I类和II类分子的结合多肽序列。
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hl16010921

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
chin_jl: 金币+10, ★★★很有帮助 2013-12-15 21:26:16
1.lZ想要的是蛋白的三维结构数据吧,http://www.rcsb.org/上有蛋白的三维结构。
2.短肽类一般不具有典型的三维结构。构象是多个结构。蛋白的片段有时不具备稳定的三级结构。
3.MHC分子理论上能递呈所有的长度合适的肽段吧,所以LZ要如何判断结合序列呢?难道计算非递呈的肽和MHC的结合?
4.由于MHC多态性的存在,总不能将某一MHC分子作为标准进行计算吧,如何选择MHC分子呢?不明觉厉。
还望指教。
2楼2013-12-13 15:36:55
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chin_jl

铜虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by hl16010921 at 2013-12-13 15:36:55
1.lZ想要的是蛋白的三维结构数据吧,http://www.rcsb.org/上有蛋白的三维结构。
2.短肽类一般不具有典型的三维结构。构象是多个结构。蛋白的片段有时不具备稳定的三级结构。
3.MHC分子理论上能递呈所有的长度合适 ...

额。。确实不明觉厉。。。我连MHC的具体概念都忘了。。。你说的很好。。你能具体解释一下,MHC吗 ?再就是。。这是生物信息学的作业。。老师很不负责任的从网上找了一个作业给我做。。。他自己都不会。。。所以,请大神指教
3楼2013-12-15 21:27:55
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hl16010921

木虫 (正式写手)

我按记忆大致说说吧,可能有小错误。MHC可以认为是一类递呈抗原的蛋白,1类递呈降解的蛋白片段(包括病毒的蛋白),二类是由抗原递呈细胞递呈的肽段。一般MHC都有一个结合肽段的肽槽,在抗原递呈过程中抗原肽倍封闭到肽槽中,MHC可以同T细胞的TCR识别,形成类似夹心结构的抗原肽复合物。抗原肽长度在8到12肽左右,理论上MHC能递呈全部的多肽。同时MHC具有高度的多样性,无亲缘关系的MHC相容的概率在百万分之一左右(此数记不清了,你查查百度)所以可以认为每个个体的MHC的结构都是有区别的,而且每个蛋白片段都能被递呈,这作业咋做呀。MHC和抗原肽的结合有偏好性,可能从者方面下手吧,计算至少也给个大概的理论模型呀
4楼2013-12-16 09:51:10
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