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无所谓109

银虫 (正式写手)

[求助] 差分电荷——CHGCAR数据怎么用origin作图已有1人参与

各位前辈,想请教一下差分电荷的问题:
最近做差分电荷,已经结构优化好了小分子吸附在衬底上的结构AB并且静态计算得出了CHGCAR,然后有单独计算了A和B的CHGCAR (NGX NGY NGZ在所有的计算中都使用的OUTCAR中的推荐值,并且都相同)这样的得到了CHGCAR_a CHGCAR_b CHGCAR_ab ,虽然学着用vesta看了差分电荷,但是感觉不是很好,毕竟软件有很多的限制,达不到自己想要的状态,想自己用熟悉的origin画图,这样颜色,线条粗细等都方便调控,于是打开了数据。想问问这些数据怎么在origin中作图....

这个是用VESTA做差后的数据,每行五列,如果想做2D怎么做,如果想做3D,有以哪些为X Y Z;另外如果想自己做差,是不是把CHGCAR_a CHGCAR_b CHGCAR_ab中每列相减......谢谢啦!
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0.43948898471E+03 0.57007521013E+03 0.93611646950E+03 0.14667348162E+04 0.20622080030E+04
0.26168749489E+04 0.30415289502E+04 0.32802017118E+04 0.33163009045E+04 0.31688655682E+04
0.28809336389E+04 0.25060494140E+04 0.20961939555E+04 0.16951270906E+04 0.13350391878E+04
0.10367201099E+04 0.80139775566E+03 0.61779482905E+03 0.47559695242E+03 0.36580478628E+03
0.28156897989E+03 0.21728322621E+03 0.16869392547E+03 0.13221717271E+03 0.10512332036E+03
0.85146191792E+02 0.70720516944E+02 0.60605384001E+02 0.54094245171E+02 0.50665405666E+02
差分电荷——CHGCAR数据怎么用origin作图
1.PNG

[ Last edited by 无所谓109 on 2013-12-12 at 01:17 ]
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X.Wang

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
无所谓109: 金币+20, ★★★★★最佳答案, 谢谢啦! 2013-12-13 17:57:32
franch: 金币+2, 谢谢回帖交流 2013-12-23 21:37:56
两种方法:
1. 使用VESTA中Utilitie / 2D Data Display进行处理
2. 在计算VASP的平台下,使用lev00,切出自己想要观察的面,到处文件用origin处理数据
2楼2013-12-13 13:59:03
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Ab-initio

铁虫 (初入文坛)

★ ★
franch: 金币+2, 谢谢回帖交流 2013-12-23 21:38:10
2D,VESTA可以直接做,
提供个小技巧:选择好要做平面图的面上几个原子,然后做图,会比自己调快。

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3楼2013-12-13 14:25:06
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1025594520

银虫 (初入文坛)

问一下,在分别作AB的时候的计算时,为什么计算出来的文件倒到vesta中提示不匹配,INCAR Kpoints等都一样啊
4楼2013-12-13 16:56:12
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无所谓109

银虫 (正式写手)

引用回帖:
4楼: Originally posted by 1025594520 at 2013-12-13 16:56:12
问一下,在分别作AB的时候的计算时,为什么计算出来的文件倒到vesta中提示不匹配,INCAR Kpoints等都一样啊

我才学不久,在做计算的时候INCAR中注意把NGX NGY NGZ设置为一样的;另外POSCAR你先写好AB一起的,然后在POSCAR中把A的部分删除,这样剩的就是B的,这样可以保证原子的位置不变
向金字塔顶攀登
5楼2013-12-13 17:56:40
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无所谓109

银虫 (正式写手)

送红花一朵
引用回帖:
3楼: Originally posted by Ab-initio at 2013-12-13 14:25:06
2D,VESTA可以直接做,
提供个小技巧:选择好要做平面图的面上几个原子,然后做图,会比自己调快。

谢谢啦!
向金字塔顶攀登
6楼2013-12-13 17:59:29
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zifa

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
2楼: Originally posted by X.Wang at 2013-12-13 13:59:03
两种方法:
1. 使用VESTA中Utilitie / 2D Data Display进行处理
2. 在计算VASP的平台下,使用lev00,切出自己想要观察的面,到处文件用origin处理数据

你好 我在用chgdiff.pl 做出了chgcar_diff文件之后 我看到有人说可以直接用vesta读取chgcar_diff文件 然后我选择2d display之后 就不知道该怎么选择标尺了
另外我能找到的lev00都是在windows下运行的exe程序 我看到侯老师写的那个教程的是在linux下运行的 我下的lev00.exe我没有找到能够作图的指令 不知道应该怎么做?
7楼2013-12-13 23:11:21
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1025594520

银虫 (初入文坛)

就是这样做的,但还是文件大小不一致,匹配不了
8楼2013-12-23 15:23:38
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