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华人科学家刘雄发现高通量分析蛋白质结构动力学的方法
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Wilmer Institute, Johns Hopkins University School of Medicine, Baltimore, Briefings in Bioinformatics 2007 8(6):432-445 High-throughput modeling and analysis of protein structural dynamics 蛋白质结构的研究目前还处于极为初级阶段，它是揭示蛋白质的作用的最终 的手段之一。但蛋白质结构的动力学更为复杂，目前有很多相关的学说。但是如何高通量预测与分析蛋白质结构动力学的方法还是十分缺乏。来自美国约翰霍普金斯的Wilmer研究所华人科学家刘雄（Xiong Liu英译，生物谷注）最近提出了一种新的生物信息学方法，文章发表在最近的Briefings in Bioinformatics杂志上。 目前科学家在蛋白质的一二级结构的预测方面是比较成熟的，但是三四级结构预测与实际情况差别十分巨大，有时甚至完全不同，这也是一直困绕科学家的难题。虽然基因组计划与蛋白质组计划发展飞速，但是蛋白质的结构破译仍然十分缓慢，全球蛋白质三维结构数据库还十分小，如何高通量预测蛋白质三维结构同样是重要的课题。 刘雄等人开发出一套全新的基于web运行的软件系统iGNM，专门用于高通量蛋白质结构的预测与分析。这套软件系统中包含了超过20000PDB结构数据库，同时支持在线实时的更新，以及PDB结构的展示，以及用户进行自主调节和修饰结构。这套系统有助于探索从蛋白质序列--结构--动力学--功能的全套复杂的关系。为从系统生物学角度研究蛋白质的功能提供重要的研究工具。生物谷网专家认为，蛋白质结构的破译进程直接影响到人类对蛋白质功能的理解与分析，以及蛋白质之间相互作用的理解。这套软件系统使得高通量预测蛋白质结构成为可能，当然，这些预测还仅仅是基于目前已有的研究，包括蛋白质结构，motif等研究成果，它还不能解决未被破译的所有的蛋白质结构问题，但是却开启了这扇大门的重要的钥匙。 [ Last edited by zhangwj on 2008-12-19 at 00:06 ] |
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