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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 跪求分子高手指点：品种间的基因序列差异，可以忽视，直接转基因吗？
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lousulin

金虫 (小有名气)

[求助] 跪求分子高手指点：品种间的基因序列差异，可以忽视，直接转基因吗？

本人最近从一种花中扩增一个基因，准备转进另外一个物种。但是测序结果发现：扩增的基因和NCBI上报道的基因序列存在17个碱基的差异，98%的同源性（突变位置均匀分布，且多次独立试验结果重复，故排除PCR等操作过程造成的基因突变），应该是由于不同品种造成的序列差异，关键是蛋白发生移码了。
NCBI上报道的该基因是具有酶活催化功能的，但我扩增得到的序列有差异的基因，我不能确定它是否也具有该酶活。心里没底啊，转基因之后会不会没有表型？不敢进一步往下做啦，求高手指点。不胜感激！！！
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1楼 2013-11-25 21:42:35
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283567513

金虫 (正式写手)
★
myprayer: 金币+1, 赠人玫瑰手有余香，分子生物期待你更多精彩。 2013-11-25 22:04:10
转这个基因不是验证它有这功能么？

[ 发自小木虫客户端 ]
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2楼2013-11-25 21:47:15
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zh10246

铁杆木虫 (文坛精英)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
先转大肠杆菌，测酶活看看，转植物周期太长了
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3楼2013-11-26 10:06:24
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Fleaves

至尊木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
2楼说的对。
你最好先验证一下你的基因有没有问题，然后再转植物。
你确定蛋白移码了？这个有点复杂了，必须得验证
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4楼2013-11-26 11:15:39
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yudaoqian88

至尊木虫 (知名作家)

不良人

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
盯了好久，看了有点头疼！因为我是菜鸟
看楼主的描述，应该是扩增的CDNA，序列相似性高达98%，但氨基酸序列发生移码，不能高度匹配了，这算同一基因在不同种间的差别，还是理解为基因家族成员间的差别呢？
统一楼上的说法，既然楼主研究酶，做酶活应该是很靠谱的。
楼主可以对测序结果进行编码蛋白预测，然后就目标蛋白进行blast比对，看有无与之相对的蛋白。
先给自己的基因定性，会不会是一个新的基因呢？是否获得了全长CDNA?
转化是验证基因功能链条的一方面，周期太长，结果难以预测，楼主在尝试的同时，可以考虑围绕基因做点表达水平，启动子方面的东西来丰富实验内容。
我只是想到哪说到哪里，建议楼主还是多问问老师及师兄，再设计实验流程，三思后行！
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特别喜欢家门口开门的瞬间，宝宝那个高兴呀，蹦蹦跳跳，好不热闹！
5楼2013-11-27 16:32:49
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