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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » 请教autodock4: non-integral charge及error in docking parameter file
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szhshuan

银虫 (正式写手)

[求助] 请教autodock4: non-integral charge及error in docking parameter file

我找了一个体系，要进行小分子和大分子的对接
问题1
其中，4L52_protein_H2O.pdbqt是大分子pdb文件去水和加氢后，grid     macromolecule打开再保存的。这里我碰到了一个问题：首先在ADT中打开大分子pdb时提示（内容见截图warning-pdb.png），然后保存为pdbqt，关闭，然后再grid     macromolecule打开pdbqt文件，先提示（内容见截图warning-pdbqt.png），OK后，再提示（内容见截图warning-pdbqt-2.png），请问这如果不做改动的话，对接下来的对接是否有影响？如果有的话，应该对pdbqt文件怎样处理？（官方教程UsingAutoDockWithADT.pdf 03版的第16页左侧说明：the most likely cause of non-integral charges using our tutorial
example  hsg1  is that it lacks polar hydrogens (see Exercise One).  With other molecules,  it is also possible that some atoms are missing from the pdb
file.  You can repair these missing atoms with a command in the repairCommands module.  To do so, first load that module then Edit  Misc  Repair Missing Atoms.Obviously, you have to repeat Exercise One: adding polar hydrogens etc if any residues have been repaired.,但我现在用的是autodock 4.0 08年出的教程上没有此项说明，），请大家帮我在autodock tools上修正一下这个pdbqt，我这项操作不太熟悉。
问题二：
当进行到autodock一步时，其他的小分子都正常运行，只有这个分子不正常，输入 nohup autodock4 -p 045.dpf -l 045.dlg&后立即停止
utodock4: ERROR: DPF> dsolvmap 4L52_protein_H2O.d.map              # desolvation map

autodock4: ERROR: Unrecognized keyword in docking parameter file.

autodock4: Aborting...

autodock4: Unsuccessful Completion.
附件：045.gpf 045.dpf nohup.out
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  • 附件 1 : 4L52_protein_H2O.pdbqt
    • 2013-11-23 16:16:16, 221.87 K
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    • 2013-11-23 16:16:26, 3.55 K
  • 附件 3 : 045.gpf
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    • 2013-11-23 16:17:18, 91.84 K
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    • 2013-11-23 16:17:23, 84.96 K
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    • 2013-11-23 16:17:26, 275.62 K

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1楼 2013-11-23 16:18:30
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asym

金虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
月只蓝: 金币+2, 感谢指导！ 2013-11-24 10:54:18

网上很多教程，多找来看。
而且你没有说加电荷啊，去水和游离离子后，加氢加电荷。选的靶标蛋白从Protein Bank 里找分辨率最好的几个，如果确实有蛋白结构缺失，要用某些软件修补后，再拿到ADT上。
没有人带，自己摸索的话，要费非常多的时间，根本不合算。我大约用了近一年的时间，陆陆续续用闲暇时间看，也就是学到最简单的刚性对接，柔性对接还没成功过。
最好找个懂行的，学一周，比自己学一年还快！
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2楼2013-11-23 17:09:51
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szhshuan

银虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by asym at 2013-11-23 17:09:51

网上很多教程，多找来看。
而且你没有说加电荷啊，去水和游离离子后，加氢加电荷。选的靶标蛋白从Protein Bank 里找分辨率最好的几个，如果确实有蛋白结构缺失，要用某些软件修补后，再拿到ADT上。
没有人带， ...

1.我找的靶标蛋白肯定是从该体系原始文献中某一小分子同蛋白质的复合物的晶体结构中提出来的，只有这一个分辨率的。
2.我们目前买的只有sybyl这一个软件，我也知道sybyl上有修复蛋白的工具，例如在surflex-dock之前，但这样修复得到的蛋白质用autodock打开时autodock根本就不会识别。
3.我们周围都是搞合成的，我们只是想利用该方法设计药物分子，并不是专门搞计算的。
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3楼2013-11-23 18:19:07
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