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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 微生物 » 实验/技术 » 一个细菌测序后的基因与genbank里比对最大相似度只有90%，什么原因？
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lilei119

新虫 (正式写手)

[求助] 一个细菌测序后的基因与genbank里比对最大相似度只有90%，什么原因？

各位专家，刚接触微生物基因鉴定。有个问题请教：
我对一种藻类（原核）进行dna检测后，测序后的基因与genbank里比对最大相似度只有90%，而且有10几种都是90%，一般说要95%以上才能定性。不知道我们该如何进一步确定是哪个物种？谢谢各位。
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1楼 2013-11-22 18:36:14
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肥猫p

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
lilei119: 金币+20, 4 2013-12-03 17:18:26
你是对哪个基因进行测序，itS区域吗？如果是某个功能性基因，那么同源度低是正常的
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2楼2013-11-22 21:46:32
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lilei119

新虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 肥猫p at 2013-11-22 21:46:32
你是对哪个基因进行测序，itS区域吗？如果是某个功能性基因，那么同源度低是正常的

多谢回复。我做的应该是最基本的，16srna，
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3楼2013-11-22 21:59:03
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肥猫p

木虫 (正式写手)
引用回帖:
3楼: Originally posted by lilei119 at 2013-11-22 21:59:03
多谢回复。我做的应该是最基本的，16srna，...

你用的是哪种通用引物？
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4楼2013-11-22 22:02:26
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圣迭戈

铜虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
那就说明你得到的是新菌啊，抓住机会啊。另外你用的16S是多长的？全长吗？
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5楼2013-11-22 22:12:11
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lilei119

新虫 (正式写手)
引用回帖:
5楼: Originally posted by 圣迭戈 at 2013-11-22 22:12:11
那就说明你得到的是新菌啊，抓住机会啊。另外你用的16S是多长的？全长吗？

感谢回复。用的应该是细菌的引物，因为那个介绍我去做的同学是做细菌的。我这个蓝藻是原核生物，有时候也叫细菌。不过就算是一种新的细菌或者藻类，有什么机会呢？16s的长度我不知道，最后测出来的碱基书是1500多个。
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6楼2013-11-22 22:40:13
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lilei119

新虫 (正式写手)
引用回帖:
4楼: Originally posted by 肥猫p at 2013-11-22 22:02:26
你用的是哪种通用引物？...

感谢回复，我不知道是什么引物，可能是细菌的通用引物吧。可以这样做吗？
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7楼2013-11-22 22:40:46
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dllchina

木虫 (著名写手)

有机的微生物大神

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
楼主的藻是新种吧

[ 发自小木虫客户端 ]
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8楼2013-11-23 12:25:52
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lilei119

新虫 (正式写手)
引用回帖:
8楼: Originally posted by dllchina at 2013-11-23 12:25:52
楼主的藻是新种吧

多谢回复，其实我也想过是否是一种稍微新一点的藻，毕竟同一个藻在不同的区域长期下来可能真的会有变异。但是不知道如何表达或者维护这种发现。比如一些发明创造可以申请专利，类似这种应该如何做？是否有很大的意义?
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9楼2013-11-23 12:34:14
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肥猫p

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

通用引物也分很多种的。
我觉得就算是新种，也不会相似度只有90%吧？这也太低了。那都能算是新属了。
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10楼2013-11-23 19:37:51
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