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lilei119

新虫 (正式写手)

[求助] 一个细菌测序后的基因与genbank里比对最大相似度只有90%,什么原因?

各位专家,刚接触微生物基因鉴定。有个问题请教:
我对一种藻类(原核)进行dna检测后,测序后的基因与genbank里比对最大相似度只有90%,而且有10几种都是90%,一般说要95%以上才能定性。不知道我们该如何进一步确定是哪个物种?谢谢各位。
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lilei119

新虫 (正式写手)

引用回帖:
5楼: Originally posted by 圣迭戈 at 2013-11-22 22:12:11
那就说明你得到的是新菌啊,抓住机会啊。另外你用的16S是多长的?全长吗?

感谢回复。用的应该是细菌的引物,因为那个介绍我去做的同学是做细菌的。我这个蓝藻是原核生物,有时候也叫细菌。不过就算是一种新的细菌或者藻类,有什么机会呢?16s的长度我不知道,最后测出来的碱基书是1500多个。
6楼2013-11-22 22:40:13
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肥猫p

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
lilei119: 金币+20, 4 2013-12-03 17:18:26
你是对哪个基因进行测序,itS区域吗?如果是某个功能性基因,那么同源度低是正常的
2楼2013-11-22 21:46:32
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lilei119

新虫 (正式写手)

引用回帖:
2楼: Originally posted by 肥猫p at 2013-11-22 21:46:32
你是对哪个基因进行测序,itS区域吗?如果是某个功能性基因,那么同源度低是正常的

多谢回复。我做的应该是最基本的,16srna,
3楼2013-11-22 21:59:03
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肥猫p

木虫 (正式写手)

引用回帖:
3楼: Originally posted by lilei119 at 2013-11-22 21:59:03
多谢回复。我做的应该是最基本的,16srna,...

你用的是哪种通用引物?
4楼2013-11-22 22:02:26
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