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liu_chen_na

新虫 (初入文坛)

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[交流] 刚性蛋白中氨基酸有非整数电荷，如何处理？

在受体蛋白上设置一个柔性残基，Grid-macromolecule-open蛋白的刚性文件，接下来跟教程上一样。
但受体蛋白上设置2个及以上时，Grid-macromolecule-open蛋白的刚性文件，提示一些氨基酸残基上有非整数电荷。当我把这些残基上的非整数电荷处理之后，又提示整个刚性蛋白上又有非整数电荷？
当我不管这些非整数电荷时，可以正常的Grid和Dock。
那么这些非整数电荷对对接有什么影响呢？
若有影响，该怎么消除这些非整数电荷呢？

1.jpg

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1楼 2013-11-21 20:41:52

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Voland

金虫 (小有名气)

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小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
月只蓝: 金币+1, 感谢指导！ 2013-11-24 10:56:41
liu_chen_na: 金币+5 2013-11-24 21:47:16

我记得MS的Charge工具上，可以对部分结构或者整体结构设定某个电荷值，如果你在原子单位上已经手动输入了一些电荷，那这个工具会在你输入的基础上进行微调，以实现整数电荷。
不过你的是蛋白质分子……我不清楚具体什么情况，感觉手动输入是找死的行为？（当然如果不太大你可以手动试试）

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2楼2013-11-24 09:42:18

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liu_chen_na

新虫 (初入文坛)

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引用回帖:

2楼: Originally posted by Voland at 2013-11-24 09:42:18
我记得MS的Charge工具上，可以对部分结构或者整体结构设定某个电荷值，如果你在原子单位上已经手动输入了一些电荷，那这个工具会在你输入的基础上进行微调，以实现整数电荷。
不过你的是蛋白质分子……我不清楚具体 ...

首先，我的是556个氨基酸的蛋白质分子，手动不现实；其次，输入电荷的依据，比如怎么确定在某个原子上输入多少的电荷？

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3楼2013-11-24 21:57:21

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