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liu_chen_na

新虫 (初入文坛)


[交流] 刚性蛋白中氨基酸有非整数电荷,如何处理?

在受体蛋白上设置一个柔性残基,Grid-macromolecule-open蛋白的刚性文件,接下来跟教程上一样。
但受体蛋白上设置2个及以上时,Grid-macromolecule-open蛋白的刚性文件,提示一些氨基酸残基上有非整数电荷。当我把这些残基上的非整数电荷处理之后,又提示整个刚性蛋白上又有非整数电荷?
当我不管这些非整数电荷时,可以正常的Grid和Dock。
那么这些非整数电荷对对接有什么影响呢?
若有影响,该怎么消除这些非整数电荷呢?
刚性蛋白中氨基酸有非整数电荷,如何处理?
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Voland

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月只蓝: 金币+1, 感谢指导! 2013-11-24 10:56:41
liu_chen_na: 金币+5 2013-11-24 21:47:16
我记得MS的Charge工具上,可以对部分结构或者整体结构设定某个电荷值,如果你在原子单位上已经手动输入了一些电荷,那这个工具会在你输入的基础上进行微调,以实现整数电荷。
不过你的是蛋白质分子……我不清楚具体什么情况,感觉手动输入是找死的行为?(当然如果不太大你可以手动试试)
2楼2013-11-24 09:42:18
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liu_chen_na

新虫 (初入文坛)


引用回帖:
2楼: Originally posted by Voland at 2013-11-24 09:42:18
我记得MS的Charge工具上,可以对部分结构或者整体结构设定某个电荷值,如果你在原子单位上已经手动输入了一些电荷,那这个工具会在你输入的基础上进行微调,以实现整数电荷。
不过你的是蛋白质分子……我不清楚具体 ...

首先,我的是556个氨基酸的蛋白质分子,手动不现实;其次,输入电荷的依据,比如怎么确定在某个原子上输入多少的电荷?
3楼2013-11-24 21:57:21
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Voland

金虫 (小有名气)


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月只蓝: 金币+1, 鼓励交流! 2013-11-25 08:39:38
引用回帖:
3楼: Originally posted by liu_chen_na at 2013-11-24 21:57:21
首先,我的是556个氨基酸的蛋白质分子,手动不现实;其次,输入电荷的依据,比如怎么确定在某个原子上输入多少的电荷?...

不现实就没有办法啦……如果是周期性结构就好了……抱歉哈LZ,我不了解蛋白质,我只知道在MS上怎么赋予电荷,就是点击原子然后在Property窗口上编辑,手动输入就行了。
4楼2013-11-24 22:42:34
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liu_chen_na

新虫 (初入文坛)


引用回帖:
4楼: Originally posted by Voland at 2013-11-24 22:42:34
不现实就没有办法啦……如果是周期性结构就好了……抱歉哈LZ,我不了解蛋白质,我只知道在MS上怎么赋予电荷,就是点击原子然后在Property窗口上编辑,手动输入就行了。...

没事
5楼2013-11-25 10:05:15
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