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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » 刚性蛋白中氨基酸有非整数电荷，如何处理？
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liu_chen_na

新虫 (初入文坛)

[交流] 刚性蛋白中氨基酸有非整数电荷，如何处理？

在受体蛋白上设置一个柔性残基，Grid-macromolecule-open蛋白的刚性文件，接下来跟教程上一样。
但受体蛋白上设置2个及以上时，Grid-macromolecule-open蛋白的刚性文件，提示一些氨基酸残基上有非整数电荷。当我把这些残基上的非整数电荷处理之后，又提示整个刚性蛋白上又有非整数电荷？
当我不管这些非整数电荷时，可以正常的Grid和Dock。
那么这些非整数电荷对对接有什么影响呢？
若有影响，该怎么消除这些非整数电荷呢？
刚性蛋白中氨基酸有非整数电荷，如何处理？
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1楼 2013-11-21 20:41:52
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Voland

金虫 (小有名气)
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
月只蓝: 金币+1, 感谢指导！ 2013-11-24 10:56:41
liu_chen_na: 金币+5 2013-11-24 21:47:16
我记得MS的Charge工具上，可以对部分结构或者整体结构设定某个电荷值，如果你在原子单位上已经手动输入了一些电荷，那这个工具会在你输入的基础上进行微调，以实现整数电荷。
不过你的是蛋白质分子……我不清楚具体什么情况，感觉手动输入是找死的行为？（当然如果不太大你可以手动试试）
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2楼2013-11-24 09:42:18
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liu_chen_na

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by Voland at 2013-11-24 09:42:18
我记得MS的Charge工具上，可以对部分结构或者整体结构设定某个电荷值，如果你在原子单位上已经手动输入了一些电荷，那这个工具会在你输入的基础上进行微调，以实现整数电荷。
不过你的是蛋白质分子……我不清楚具体 ...

首先，我的是556个氨基酸的蛋白质分子，手动不现实；其次，输入电荷的依据，比如怎么确定在某个原子上输入多少的电荷？
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3楼2013-11-24 21:57:21
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Voland

金虫 (小有名气)
★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流！ 2013-11-25 08:39:38
引用回帖:
3楼: Originally posted by liu_chen_na at 2013-11-24 21:57:21
首先，我的是556个氨基酸的蛋白质分子，手动不现实；其次，输入电荷的依据，比如怎么确定在某个原子上输入多少的电荷？...

不现实就没有办法啦……如果是周期性结构就好了……抱歉哈LZ，我不了解蛋白质，我只知道在MS上怎么赋予电荷，就是点击原子然后在Property窗口上编辑，手动输入就行了。
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4楼2013-11-24 22:42:34
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liu_chen_na

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
4楼: Originally posted by Voland at 2013-11-24 22:42:34
不现实就没有办法啦……如果是周期性结构就好了……抱歉哈LZ，我不了解蛋白质，我只知道在MS上怎么赋予电荷，就是点击原子然后在Property窗口上编辑，手动输入就行了。...

没事
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5楼2013-11-25 10:05:15
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