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lily0423

银虫 (小有名气)

[求助] 克隆测序

求教:做功能菌群的克隆文库,最好一步送出去测序一般送多少个克隆子啊?25-30个 会不会太少?测序得出的结果,用什么软件划分OTU啊,我第一次做克隆吹类似的数据,一般拿到数据的分析流程是什么?谢谢您
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红太郎张玉

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★
gyesang: 金币+2, 鼓励交流! 2013-12-01 19:19:48
送多少个克隆子测序要看你自己研究的功能菌落,你可以看一下有关你这个功能菌落的文献,一般是挑多少个送测序,覆盖度是多少。测序回来首先要在NCBI上面去载体,然后blast一下是不是你做的目的片段,然后比对,相关软件比较多,我是用ClustalX比对,用mothur分的otu,,不知道,你明白没有
6楼2013-11-25 08:44:58
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distant616

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖


感谢参与,应助指数 +1
myprayer: 金币+1, 鼓励发贴积极交流。 2013-11-20 12:25:14
多少个 样品啊?你是普通测序还是高通量测序呢?
2楼2013-11-20 10:27:54
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lily0423

银虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by distant616 at 2013-11-20 10:27:54
多少个 样品啊?你是普通测序还是高通量测序呢?

我就有3个样品,克隆出来就是普通测序了 一般要送出去多少个白斑?
3楼2013-11-21 09:04:31
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distant616

金虫 (小有名气)

引用回帖:
3楼: Originally posted by lily0423 at 2013-11-21 09:04:31
我就有3个样品,克隆出来就是普通测序了 一般要送出去多少个白斑?...

每个样品20个就差不多了,你这样品的偏度长度水多少bp呢,一般普通测序的有效偏度长度是500bp。
4楼2013-11-21 10:49:19
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