24小时热门版块排行榜    

查看: 1013  |  回复: 7
当前只显示满足指定条件的回帖,点击这里查看本话题的所有回帖

lily0423

银虫 (小有名气)

[求助] 克隆测序

求教:做功能菌群的克隆文库,最好一步送出去测序一般送多少个克隆子啊?25-30个 会不会太少?测序得出的结果,用什么软件划分OTU啊,我第一次做克隆吹类似的数据,一般拿到数据的分析流程是什么?谢谢您
回复此楼
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

红太郎张玉

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★
gyesang: 金币+2, 鼓励交流! 2013-12-01 19:19:48
送多少个克隆子测序要看你自己研究的功能菌落,你可以看一下有关你这个功能菌落的文献,一般是挑多少个送测序,覆盖度是多少。测序回来首先要在NCBI上面去载体,然后blast一下是不是你做的目的片段,然后比对,相关软件比较多,我是用ClustalX比对,用mothur分的otu,,不知道,你明白没有
6楼2013-11-25 08:44:58
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 8 个回答

distant616

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖


感谢参与,应助指数 +1
myprayer: 金币+1, 鼓励发贴积极交流。 2013-11-20 12:25:14
多少个 样品啊?你是普通测序还是高通量测序呢?
2楼2013-11-20 10:27:54
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

lily0423

银虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by distant616 at 2013-11-20 10:27:54
多少个 样品啊?你是普通测序还是高通量测序呢?

我就有3个样品,克隆出来就是普通测序了 一般要送出去多少个白斑?
3楼2013-11-21 09:04:31
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

distant616

金虫 (小有名气)

引用回帖:
3楼: Originally posted by lily0423 at 2013-11-21 09:04:31
我就有3个样品,克隆出来就是普通测序了 一般要送出去多少个白斑?...

每个样品20个就差不多了,你这样品的偏度长度水多少bp呢,一般普通测序的有效偏度长度是500bp。
4楼2013-11-21 10:49:19
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[基金申请] 面上意见出来了 +12 黄鸟于飞Chao 2026-08-29 21/1050 2026-08-31 18:04 by 异氰酸酯
[基金申请] 能否申诉? +7 echo8914667 2026-08-30 8/400 2026-08-31 17:00 by yihongxu
[基金申请] 中青基了要发朋友圈吗? +7 349506619 2026-08-28 7/350 2026-08-31 13:39 by 冼亮淀粉酶
[基金申请] 29号明天会评吗 +4 笨笨唐 2026-08-28 4/200 2026-08-31 09:30 by huixian257
[基金申请] 国社科又开始会评了,不知道这次命运如何 +6 雨打竹帘 2026-08-30 10/500 2026-08-31 09:29 by huixian257
[基金申请] 为什么到现在没收到通知? +5 tannykie 2026-08-29 5/250 2026-08-30 21:05 by purplejack
[基金申请] 有没有仍没收到信息的 +7 德尚中行 2026-08-27 8/400 2026-08-30 20:52 by purplejack
[基金申请] 我就是申请一个面上项目而已,这评审意见是按照杰青的条件评的吧? +6 gouxfjh 2026-08-28 11/550 2026-08-30 07:57 by gouxfjh
[基金申请] 2026年叶企孙基金 +4 bud_bud 2026-08-27 7/350 2026-08-29 07:23 by foolishmani
[基金申请] 为什么资助数各大高校都创新高,自己申请怎么就这么难 +12 Kittylucky 2026-08-27 13/650 2026-08-29 00:04 by superceng
[基金申请] 系统查不到 +11 董八千 2026-08-26 11/550 2026-08-28 18:06 by Leogzhya
[基金申请] 基金系统什么内容也没有 30+4 winsaint 2026-08-27 9/450 2026-08-28 11:06 by maolC
[基金申请] 哪位高人中了,把查询到的截图贴出来让我看看,让我长长见识 +5 yuleib84 2026-08-26 6/300 2026-08-28 00:02 by yudaoqian88
[基金申请] 怎么看青基中了没有啊 +5 叶九微 2026-08-26 5/250 2026-08-27 10:35 by l_zh2008
[基金申请] 我不理解! +15 Edward_pc 2026-08-26 23/1150 2026-08-26 20:34 by zzuzxg
[基金申请] 为什么国自然不能直接公布 +4 bjdxyxy 2026-08-26 4/200 2026-08-26 13:12 by qingmu1201
[基金申请] 系统进不去 +4 yanglien 2026-08-26 5/250 2026-08-26 11:10 by wenfengw83
[基金申请] 项目信息和经费信息在系统里都可以看到了 +6 wittyboy 2026-08-26 14/700 2026-08-26 10:55 by wittyboy
[基金申请] 国合可查了 +3 paperzjh 2026-08-26 3/150 2026-08-26 10:41 by LemmonTr
[基金申请] 今天务委会开完了,明天出结果吗 +19 angus9576 2026-08-25 23/1150 2026-08-26 10:03 by zp519
信息提示
请填处理意见