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北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
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lily0423

银虫 (小有名气)

[求助] 克隆测序

求教：做功能菌群的克隆文库，最好一步送出去测序一般送多少个克隆子啊？25-30个 会不会太少？测序得出的结果，用什么软件划分OTU啊，我第一次做克隆吹类似的数据，一般拿到数据的分析流程是什么？谢谢您
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1楼 2013-11-20 08:38:03
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distant616

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
myprayer: 金币+1, 鼓励发贴积极交流。 2013-11-20 12:25:14
多少个 样品啊？你是普通测序还是高通量测序呢？
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2楼2013-11-20 10:27:54
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lily0423

银虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by distant616 at 2013-11-20 10:27:54
多少个 样品啊？你是普通测序还是高通量测序呢？

我就有3个样品，克隆出来就是普通测序了 一般要送出去多少个白斑？
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3楼2013-11-21 09:04:31
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distant616

金虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by lily0423 at 2013-11-21 09:04:31
我就有3个样品，克隆出来就是普通测序了 一般要送出去多少个白斑？...

每个样品20个就差不多了，你这样品的偏度长度水多少bp呢，一般普通测序的有效偏度长度是500bp。
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4楼2013-11-21 10:49:19
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lily0423

银虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by distant616 at 2013-11-21 10:49:19
每个样品20个就差不多了，你这样品的偏度长度水多少bp呢，一般普通测序的有效偏度长度是500bp。...

750bp插入片段，我看到有的文献都送出去测70个克隆子，这样子和高通量测序价格差不了啊

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5楼2013-11-24 13:10:55
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红太郎张玉

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★
gyesang: 金币+2, 鼓励交流！ 2013-12-01 19:19:48
送多少个克隆子测序要看你自己研究的功能菌落，你可以看一下有关你这个功能菌落的文献，一般是挑多少个送测序，覆盖度是多少。测序回来首先要在NCBI上面去载体，然后blast一下是不是你做的目的片段，然后比对，相关软件比较多，我是用ClustalX比对，用mothur分的otu,，不知道，你明白没有
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6楼2013-11-25 08:44:58
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distant616

金虫 (小有名气)
引用回帖:
5楼: Originally posted by lily0423 at 2013-11-24 13:10:55
750bp插入片段，我看到有的文献都送出去测70个克隆子，这样子和高通量测序价格差不了啊
...

这样子你测一个正向或者反向就可以了，你得看看比对结果，我做的方法和楼下做的差不多
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7楼2013-11-25 08:48:44
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lily0423

银虫 (小有名气)
引用回帖:
6楼: Originally posted by 红太郎张玉 at 2013-11-25 08:44:58
送多少个克隆子测序要看你自己研究的功能菌落，你可以看一下有关你这个功能菌落的文献，一般是挑多少个送测序，覆盖度是多少。测序回来首先要在NCBI上面去载体，然后blast一下是不是你做的目的片段，然后比对，相关 ...

稍微明白。分了OTU之后， 是每个OTU选择一个和相应的模式株做系统发育树吗？mothur  是不是呀编程啊？可不可以 在NCBI里面 比对出来的模式株一样的归为一个OTU啊?谢谢
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8楼2013-12-01 19:12:30
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