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北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
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lily0423

银虫 (小有名气)

[求助] 克隆测序

求教:做功能菌群的克隆文库,最好一步送出去测序一般送多少个克隆子啊?25-30个 会不会太少?测序得出的结果,用什么软件划分OTU啊,我第一次做克隆吹类似的数据,一般拿到数据的分析流程是什么?谢谢您
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distant616

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖


感谢参与,应助指数 +1
myprayer: 金币+1, 鼓励发贴积极交流。 2013-11-20 12:25:14
多少个 样品啊?你是普通测序还是高通量测序呢?
2楼2013-11-20 10:27:54
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lily0423

银虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by distant616 at 2013-11-20 10:27:54
多少个 样品啊?你是普通测序还是高通量测序呢?

我就有3个样品,克隆出来就是普通测序了 一般要送出去多少个白斑?
3楼2013-11-21 09:04:31
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distant616

金虫 (小有名气)

引用回帖:
3楼: Originally posted by lily0423 at 2013-11-21 09:04:31
我就有3个样品,克隆出来就是普通测序了 一般要送出去多少个白斑?...

每个样品20个就差不多了,你这样品的偏度长度水多少bp呢,一般普通测序的有效偏度长度是500bp。
4楼2013-11-21 10:49:19
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lily0423

银虫 (小有名气)

引用回帖:
4楼: Originally posted by distant616 at 2013-11-21 10:49:19
每个样品20个就差不多了,你这样品的偏度长度水多少bp呢,一般普通测序的有效偏度长度是500bp。...

750bp插入片段,我看到有的文献都送出去测70个克隆子,这样子和高通量测序价格差不了啊

[ 发自小木虫客户端 ]
5楼2013-11-24 13:10:55
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红太郎张玉

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★
gyesang: 金币+2, 鼓励交流! 2013-12-01 19:19:48
送多少个克隆子测序要看你自己研究的功能菌落,你可以看一下有关你这个功能菌落的文献,一般是挑多少个送测序,覆盖度是多少。测序回来首先要在NCBI上面去载体,然后blast一下是不是你做的目的片段,然后比对,相关软件比较多,我是用ClustalX比对,用mothur分的otu,,不知道,你明白没有
6楼2013-11-25 08:44:58
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distant616

金虫 (小有名气)

引用回帖:
5楼: Originally posted by lily0423 at 2013-11-24 13:10:55
750bp插入片段,我看到有的文献都送出去测70个克隆子,这样子和高通量测序价格差不了啊
...

这样子你测一个正向或者反向就可以了,你得看看比对结果,我做的方法和楼下做的差不多
7楼2013-11-25 08:48:44
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lily0423

银虫 (小有名气)

引用回帖:
6楼: Originally posted by 红太郎张玉 at 2013-11-25 08:44:58
送多少个克隆子测序要看你自己研究的功能菌落,你可以看一下有关你这个功能菌落的文献,一般是挑多少个送测序,覆盖度是多少。测序回来首先要在NCBI上面去载体,然后blast一下是不是你做的目的片段,然后比对,相关 ...

稍微明白。分了OTU之后, 是每个OTU选择一个和相应的模式株做系统发育树吗?mothur  是不是呀编程啊?可不可以 在NCBI里面 比对出来的模式株一样的归为一个OTU啊?谢谢
8楼2013-12-01 19:12:30
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