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妖精dan

新虫 (初入文坛)

应助: 0 (幼儿园)
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在线: 50.1小时
虫号: 2149004
注册: 2012-11-26
专业: 神经生物学

[交流] 如何查找启动子和顺式作用元件已有22人参与

最近要研究启动子的一些基序，总结出一些方法和大家分享。
1，首先明确你的元件序列，可以进入该网站，根据你的转录因子搜索相关反应元件的序列

首先快速搜索，例如查找雄激素受体（androgen receptor)的反应元件，输入androgen receptor

点击图片，就能进一步查看该顺式作用元件的序列及其他信息了
http://bcs.keyan.cc/emuchnet/201 ... _1384763423_366.jpg

2，启动子数据库TRED
http://rulai.cshl.edu/cgi-bin/TRED/tred.cgi?process=home
可以在该网站查找基因启动子，可以检测启动子内潜在的元件。
例如，查找人的OXT的启动子，选择human，直接输入OXT，然后search

选择需要的，点击promoter ID

此时，出现了该基因的promoter 信息

接着需要寻找潜在的顺式作用元件了
在Analyze Sequence中，选择Matrix sequence, 然后go
在Sequence matrix to search for一栏中，option1选择 androgen，然后analyze
http://bcs.keyan.cc/emuchnet/201 ... _1384763756_649.jpg
这样就找出了潜在的元件啦
剩下的就自己慢慢分析喽

1.jpg

2.jpg

3.jpg

1.jpg

1.jpg

6.jpg

[ Last edited by silicare on 2014-2-18 at 08:53 ]

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