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分子吸附问题
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我用DMOL3做111面吸附CO2的时候，HCP、FCC、桥位、顶位的竖直、水平吸附优化后得到的全是物理吸附，但是我们老师说有化学吸附，我查了相关文献说我这个面如果不加氢活化是没有CO2化学吸附的，可是我们老师又说不用加氢。那我想问，如果要加氢的话，那我之前优化的这些是不是就要全部重新加氢再优化一次，还有就是加氢的话，该怎么操作呢？ 另外，我们这个表面是个催化剂表面，并不洁净，有微量的Zr，Zn等元素，排列顺序不明，做不出化学吸附和没考虑这个有关系吗 希望有前辈能指点迷津，谢谢了！ |
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 量子化学和计算化学 |
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3楼2013-11-19 00:59:12
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对于12核心服务器（2.6GHz）你这个体系正常应该大约半分钟一次scf，一般30次scf计算一个构型，即15分钟。动力学模拟我不懂，但怎么着也要取1000个构型，显然不现实。而且有很多东西我还是按照高估的。 smearing=0.005Ha其实已经相当于电子受到温度的作用排布有所变化（smearing=kT，k是Boltzmann常量）。你这个体系其实没那么多复杂能量又接近的构象，优化就能解决问题。先把上述准备工作做好，优化做好，考虑一些杂质、缺陷的问题，以及考虑反应路径、过渡态，这些可能对催化比较重要。 是些个人理解，望大家多指教吧。 |
9楼2013-11-19 22:59:50
2楼2013-11-18 22:07:10
5楼2013-11-19 19:04:28
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7楼2013-11-19 19:24:11
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唉，我也算不上什么前辈。 严格来说，对于单个分子的吸附，dmol3处理这个体系应该把晶面取到两倍的orbital cutoff与分子的xy方向长度，这样才会保证临近的分子间的作用对吸附没影响。当然现在很多吸附做的都不是很规范。 明显的问题还有金属层数原则上也要测试的，这个金属原子实在太薄了离真实体系有距离，你可以测试随着金属厚度增加计算结果会有所不同，这个误差有时候不小。 看不出的一些问题你也要注意，对于dmol3，k-point和orbital cutoff也需要测试，有的时候默认的参数满足不了测试的结果。另外计算吸附能的时候，分子的计算不能简单选择为Fine，因为分子的碳氧默认的orbital cutoff和金属的不一样，对于Cu是4.4埃，就要都设定成4.4埃。当然也有其他的方案。 否则做差的能量精度不同。 这个能量有的时候未必可靠。10kJ/mol的吸附能有可能不超过你计算误差的值。除了模型大小和上述的参数，因为不同的原子采用的基组大小有差异，还要考虑BSSE校正。另外，计算方法的选用也很重要，对于Dmol3有些方法有的时候偏差5kcal/mol也不稀奇，如果确定是物理吸附，那么色散力的校正也要考虑考虑。恩。。。Dmol3有时候处理金属体系很不好。 有的时候除了那些杂质元素，有的时候金属本身的缺陷也不容忽视。有些奇特的性质不是完美的结构表现得出来的。 都是些个人观点，希望再多一些大牛指正讨论。有啥问题可以再讨论一下。 |
8楼2013-11-19 22:43:38
10楼2013-11-19 23:56:11