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nbo计算出来C原子有孤对电子怎么回事
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用NBO计算了两个过渡态ts1a和ts1b的二级微扰相互作用，如附件中图所示，ts1a中，最稳定的二级作用是C5的孤对电子离域到N45=N44的π*轨道上，而ts1b中最稳定的二级相互作用是C6的孤对电子离域到C3=C4的π*轨道。感觉很奇怪，C原子怎么会有孤对电子呢？审稿人也对此提了疑问。下面是审稿人的一段话：When results of the NBO analysis are discussed, lone electron pairs at the C5 and C6 atoms in TS1a and TS1b are indicated. This is a bit strange, at least for experimentalists, that a carbon atom in the sp2/sp3 hybrid state has a lone electron pair. May be the NBO analysis failed to find automatically the most stable resonance structure? I recommend to repeat the NBO calculations setting manually the intuitively most stable resonance structures without the lone electron pairs at the C atoms and then to compare results. 求大家意见该怎么办才好。 我查看了NBO的手册，想用choose试试，结果不知道为啥跟不加choose一模一样，请大家帮我看看输入文件是否有误，输入文件如下： %nprocshared=16 %nosave %mem=12GB %chk=ts1b.chk # ub3lyp/6-31g(d) pop=(savenbo,nboread) Title Card Required 0 1 C -1.65759800 4.16030600 -1.05909800 C -1.76849000 2.83983200 -1.21181500 C 1.25887400 0.40308300 0.90504800 C 2.37067500 0.28987600 0.14290300 C 3.96231000 0.10420300 1.14060600 *****继续原子坐标 空格行 $CHOOSE LONE 5 45 44 END BOND D 5 45 D 45 44 D 6 4 D 4 3 END NOBOND 4 5 END $NBO BNDIDX $END  ts1a.jpg  ts1b.jpg [ Last edited by amytaotao on 2013-11-12 at 10:32 ] |
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