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何飘同学

新虫 (小有名气)

[求助] CF3COOH(介电常数为:8.55)作溶剂,计算分子溶剂化能的详细输入文件!!!

请教各位大神,高斯中没有的溶剂化模型如何建立?以CF3COOH(介电常数 8.55)为溶剂,计算一个分子的溶剂化能,急求该计算的详细输入文件!
情况紧急,还望各位不吝赐教!不胜感激!!!
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枪下游魂

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
http://muchong.com/html/201302/5536617.html
这里有讲。

以下节选自高斯09说明书:
PCM计算的附加关键词
PCM SCRF计算可以指定附加的输入关键词。它们位于独立的输入部分,像往常一样用空行结束,如这个例子:

# B3LYP/6-31G(d) 5D SCRF(SMD,Solvent=Generic,PCM=Read)
Water, solvation by methanol, re-defined as generic solvent.
0 1
O
H,1,0.94
H,1,0.94,2,104.5
stoichiometry=C1H4O1 PCM关键词的输入部分
solventname=methanol
eps=32.63
epsinf=1.758
…                                 PCM输入的结束空行
可以用以下关键词控制 PCM 计算(有关的项目分组排列):
定义溶剂参数
PCM 计算所用的溶剂通常可以用SCRF 关键词的常规选项Solvent 指定。可以用下面
的关键词覆盖一些已知溶剂的默认值:
EPS=x 指定溶剂的静态(或零频)介电常数。
EPSINF=x 指定溶剂的动态(或光学)介电常数。
RSOLV=x 指定溶剂半径(单位:埃)。只用于AddSph 或Surface=SAS。
未指定的参数默认为Solvent选项所指定溶剂(默认是水)的值。

这两种说法矛盾的地方就是一个是直接用read,一个是用pcm=read,孰对孰错自己尝试吧。
2楼2013-11-11 06:44:46
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何飘同学

新虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by 枪下游魂 at 2013-11-11 06:44:46
http://muchong.com/html/201302/5536617.html
这里有讲。

以下节选自高斯09说明书:
PCM计算的附加关键词
PCM SCRF计算可以指定附加的输入关键词。它们位于独立的输入部分,像往常一样用空行结束,如这个例子: ...

再请教几个问题:
1. 关键词命令行:# B3LYP/6-31G(d) 5D SCRF(SMD,Solvent=Generic,PCM=Read) 中的"5D" 是什么意思啊?
2.如果含有:
stoichiometry=C1H4O1
solventname=methanol
计算报错,去掉则可以正常运算,不知是何原因?
3.即使按照该输入文件计算,能够在out  文件中看到我建立的新的溶剂模型,但没有计算结果,也就是没有我要的溶剂的相关一些列能量值(气相,极性溶剂极性溶质能量,总溶液能量,溶剂自由能,溶剂化能..)
见附件:H2O-ch3oh.gjf     和   H2O-ch3oh.out
4.针对上一个问题,我在命令行加入了关键词:ExternalIteration,DoVacuum"  貌似可以得到全部的结果,不知是否可靠?
见附件:H2O-ch3oh-3.gjf     和   H2O-ch3oh-3.out
3楼2013-11-11 16:45:29
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何飘同学

新虫 (小有名气)

引用回帖:
3楼: Originally posted by 何飘同学 at 2013-11-11 16:45:29
再请教几个问题:
1. 关键词命令行:# B3LYP/6-31G(d) 5D SCRF(SMD,Solvent=Generic,PCM=Read) 中的"5D" 是什么意思啊?
2.如果含有:
stoichiometry=C1H4O1
solventname=methanol
计算报错,去掉则可 ...

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  • 附件 4 : H2O-ch3oh-3.gjf
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4楼2013-11-11 16:54:07
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何飘同学

新虫 (小有名气)

请教各位高手!有人能解释么?
5楼2013-11-13 09:16:41
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枪下游魂

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

引用回帖:
3楼: Originally posted by 何飘同学 at 2013-11-11 16:45:29
再请教几个问题:
1. 关键词命令行:# B3LYP/6-31G(d) 5D SCRF(SMD,Solvent=Generic,PCM=Read) 中的"5D" 是什么意思啊?
2.如果含有:
stoichiometry=C1H4O1
solventname=methanol
计算报错,去掉则可 ...

1、5D应是指6-31G(d)基添加的极化轨道为5D,你不需要可以去掉
2、这个情况我没试过,如果去掉可以正常计算就去掉应该也行,这两个应该只是说明,不会影响计算。
3、我看了一下说明书,如果要得到你所说的能量确实需要加这两个关键词,结果应是可靠的
6楼2013-11-13 09:27:20
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superrice

木虫 (正式写手)

引用回帖:
6楼: Originally posted by 枪下游魂 at 2013-11-13 09:27:20
1、5D应是指6-31G(d)基添加的极化轨道为5D,你不需要可以去掉
2、这个情况我没试过,如果去掉可以正常计算就去掉应该也行,这两个应该只是说明,不会影响计算。
3、我看了一下说明书,如果要得到你所说的能量确 ...

5D的意思不是使用5个笛卡尔函数的意思吗。。
7楼2013-11-14 21:51:33
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枪下游魂

木虫 (著名写手)

引用回帖:
7楼: Originally posted by superrice at 2013-11-14 21:51:33
5D的意思不是使用5个笛卡尔函数的意思吗。。...

这样的么。。。小弟智商拙计了,呵呵
8楼2013-11-15 06:39:09
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何飘同学

新虫 (小有名气)

引用回帖:
7楼: Originally posted by superrice at 2013-11-14 21:51:33
5D的意思不是使用5个笛卡尔函数的意思吗。。...

谢谢你啊!
9楼2013-11-15 08:20:34
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