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为什么转录因子结合很多基因调控序列却不影响基因表达？
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| 求助各位大神：为什么转录因子结合很多基因调控序列却不影响基因表达？以及相应的实验设计方案。。 |
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jurkat.1640
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2楼2013-11-10 11:11:19
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gyesang: 金币+3, 丽丽好人！ 2013-11-12 01:40:32
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gyesang: 金币+3, 丽丽好人！ 2013-11-12 01:40:32
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转录因子结合很多基因调控序列却不影响基因表达，因为接触到的那些DNA片段不是该转录因子具体作用的片段，两者只是非特异性的结合，另一种情况，该转录因子的下游蛋白质没有表达或者失活，或者是病理情况，或者再生条件下激活下游的蛋白质表达需要不止一种蛋白质因子的出现，或者需要相关的蛋白质因子达到一定的浓度阀值。 如果楼主要具体的实验设计，那么必须给出你的具体的实验条件和目的，否则没法设计。另外，我们需要具体讨论，不能光我说出数千字就没有人理我了。 |
3楼2013-11-11 00:19:40
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4楼2013-11-11 00:21:16
5楼2013-11-11 09:55:44
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gyesang: 金币+5, 一回帖就是经典！ 2013-11-12 01:41:02
gyesang: 金币+5, 一回帖就是经典！ 2013-11-12 01:41:02
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我在三和四楼已经回答了可能的三种原因吗？ 我让你具体说说你的转录因子的情况，比如你凭什么断定它是转录因子？还有第四个原因：它即使是转录因子也不一定就直接和DNA调控片段结合，而是可能与和DNA片段直接结合的其他因子结合，你做没做过WB，调取一下可能的结合的蛋白质？你用没用过三级结构预测出三维结构或者一直三维结构，然后根据同源蛋白质或折叠子预测其可能的生物功能？这种转录因子与哪些DNA调控序列的结合力更大？该转录因子结合力更大的那些DNA调控序列结合了那些其他的调控因子一般有神木功能？神木叫所有的调控序列？你的转录因子在什么细胞中发现？你的转录因子在细胞周期的表达量是不是有变化？其表达量最大的细胞周期最可能有功能。该转录因子不结合和DNA调控片段结合时出于什么状态？是否在细胞核？是否有和其他的蛋白质结合？ 我已经说出了可能的原因和试验方法。但是你不要总是重复题目好不好？你们做了哪些检测都依据没有提。 附录：转录因子数据库与转录因子预测软件 转录因子数据库： TRANSFAC: http://www.gene-regulation.com/pub/databses.html TRRD: http://wwwmgs.bionet.nsc.ru/mgs/gnw/trrd/ TFD: http://www.ifti.org/ JASPAP : http://jaspar.cgb.ki.se/ DBTSS: http://dbtess.hgc.jp/ 转录因子预测软件： March 1.0 http://compel.binet.nsc,ru/March/March.html TFSEACH http://www.cbrc.jp/research/db/TFSEACH.html MAPPER http://mapper.chip.org P-March: http://www.gene-regulation.com/pub/programs.html TESS http://www.cbil.upenn.edu/cgi-bin/tess/tess PatSearch http://www.ba.itb.cnr.it/BIG/PatSearch m2transfac http://explain.biobase.de/cgi-bin/m2transfac/bin/start.cgi Signal Scan http://www-bimas.cit.nih.gov/molbio/signal/ |
6楼2013-11-11 10:22:02
7楼2013-11-11 13:00:55
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8楼2013-11-11 20:16:47
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