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[求助]
NAMD跨膜环肽管求助，Periodic cell has become too small for original patch grid!
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各位前辈，小妹新手一枚，学习过程中问题多多。。。最近遇到一个棘手的问题，还请大家多多帮忙。我研究的体系是跨膜环肽纳米管，由于要探索纳米管在脂质膜中的倾斜，所以在模拟的过程中对脂质膜和环肽管没有施加任何限制，然后进行超长时间的MD模拟。 由于计算条件限制，我是以20纳秒为间隔，跑完一次再接着续跑20纳秒。但是实际操作后发现，首次二十纳秒进行顺利，在进行续跑，也就是21到40纳秒的模拟时总是出现错误，错误提示是Periodic cell has become too small for original patch grid!。 我之前对照其他帖子给的方法进行修改，增加"margin 3",改大”langevinPistonPeriod 1000. langevinPistonDecay 500“但是最后还是不行。我在这里先贴出前二十纳秒的CONF和续跑的CONF文件，希望各位前辈帮忙看看问题出在哪里，多谢。 |
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本帖内容被屏蔽 |
6楼2013-11-12 08:45:47
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structure 8pnt_mem_water.psf coordinates eq.pdb paraTypeCharmm on parameters par_all27_prot_lipid.inp parameters par_extraterms.inp set temperature 310 temperature $temperature if {0} { set inputname eq_r binCoordinates $inputname.restrart.coor binVelocities $inputname.vel ;# remove the "temperature" entry if you use this! #extendedSystem $inputname.xsc } firsttimestep 0 if {1} { cellBasisVector1 58. 0. 0. cellBasisVector2 0. 58. 0. cellBasisVector3 0. 0. 94. cellOrigin 0. 0. 0. } wrapAll on PME yes PMEGridSizeX 64 PMEGridSizeY 64 PMEGridSizeZ 100 exclude scaled1-4 cutoff 10. switching on switchdist 8. pairlistdist 12. timestep 1. nonbondedFreq 2 fullElectFrequency 4 stepspercycle 20 langevin on langevinDamping 5 langevinTemp $temperature langevinPiston on langevinPistonTarget 1. langevinPistonPeriod 1000. langevinPistonDecay 500. langevinPistonTemp $temperature useFlexibleCell yes useConstantRatio yes if {0} { constraints on consref constr.pdb conskfile constr.pdb conskcol B constraintscaling 10.0 } binaryoutput no outputName eq_1 dcdfreq 1000 xstFreq 1000 restartname eq_r_1 restartfreq 1000 binaryrestart yes outputEnergies 1000 outputtiming 1000 if {1} { minimize 10000 reinitvels $temperature } run 10000000 |
2楼2013-11-09 16:34:50
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接下来是续跑的CONF structure 8pnt_mem.psf coordinates eq.pdb paraTypeCharmm on parameters par_all27_prot_lipid.inp parameters par_extraterms.inp set temperature 310 if {1} { set inputname eq_r_1 binCoordinates $inputname.coor binVelocities $inputname.vel ;# remove the "temperature" entry if you use this! #extendedSystem $inputname.xsc } firsttimestep 25723000 if {0} { cellBasisVector1 58. 0. 0. cellBasisVector2 0. 58. 0. cellBasisVector3 0. 0. 94. cellOrigin 0. 0. 0. PME yes PMEGridSizeX 64 PMEGridSizeY 64 PMEGridSizeZ 100 } wrapAll on margin 5 exclude scaled1-4 cutoff 10. switching on switchdist 8. pairlistdist 12. timestep 1. nonbondedFreq 2 fullElectFrequency 4 stepspercycle 20 langevin on langevinDamping 5 langevinTemp $temperature langevinPiston on langevinPistonTarget 1. langevinPistonPeriod 1000. langevinPistonDecay 500. langevinPistonTemp $temperature useFlexibleCell yes useConstantRatio yes if {0} { constraints on consref constr.pdb conskfile constr.pdb conskcol B constraintscaling 10.0 } binaryrestart yes binaryoutput no outputName eq_1_xu dcdfreq 1000 xstFreq 1000 restartname eq_r_1_xu restartfreq 1000 outputEnergies 1000 outputtiming 1000 if {0} { minimize 2000 reinitvels $temperature } run 4307000 |
3楼2013-11-09 16:35:49
4楼2013-11-09 18:24:02
