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邓芳

木虫 (小有名气)

木虫

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[求助] 高斯优化问题和gromacs小分子的tip文件中的电荷修改问题

请教你一个问题：我的小分子mol2格式，如图一所示：但用高斯优化后就变成如图二所示，c-n键发生了变化，请问大神这种问题怎么解决？我想用高斯优化后的电荷来代替在线生成的tip文件中的电荷，但化学键发生了变化，电荷应该有点问题，所以没办法往下进行了。还有一个问题是：高斯优化后的log文件中的电荷，要么是全氢，要么是没有氢，而在线生成的tip文件中的氢原子是部分氢，怎样才能实现对应的替换？关于电荷修改问题一篇文献中介绍过了，但没看太明白，想通过高斯进行解决，希望尽快得到大家的帮助，让实验尽快进行下去，非常感谢！

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