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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Monte Carlo » sorption模块关于力场、同位素、LJ势能等问题的求助
汕头大学海洋科学接受调剂
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lusostty

金虫 (小有名气)

[求助] sorption模块关于力场、同位素、LJ势能等问题的求助

一个人孤单科研 问题一大堆 欢迎大家来讨论指教 谢谢
1.怎么把某个元素改成同位素？我在旁边isisotope已经改了 label标记也显示改了 但是计算结果显示的原子量为什么没变化呢？
2.应该怎么样把LJ势能参数用上去呢？在哪儿改？focite里的编辑力场？还是怎么弄？
3.应该是第二个的延伸 常在文献里看到 使用compass力场，又同时给出了LJ参数 计算的时候可以选两个？还是把两个力场合并了？

谢谢

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
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1楼 2013-11-04 20:34:20
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回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

月只蓝

主管区长 (职业作家)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
问题1，我没研究过。
问题2，首先得明确COMPASS力场包含了你的物质，比如COMPASS对无机物覆盖有限；如果要自己拟合力场，得用GULP模块。
问题3，COMPASS力场已经包含LJ参数，如果COMPASS已经覆盖了该物质的话。
赞一下(1人) 回复此楼
MATLAB、MS小问题、普通问题请发帖求助！时间精力有限，恕不接受无偿私信求助。
2楼2013-11-04 21:44:37
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pigrass

专家顾问 (著名写手)

伊卡斯特的小猪

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
月只蓝: 金币+2, 感谢指导！ 2013-11-06 09:48:42
isotope参照下面更改

sorption模块关于力场、同位素、LJ势能等问题的求助
赞一下(1人) 回复此楼
#有问题发论坛，不接受私聊#爱晶体，爱MaterialsStudio#MS专辑点击右边#http://emuch.net/taotie/41673.html#物性数据#http://webbook.nist.gov/chemistry/#
4楼2013-11-06 08:55:45
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普通回帖

lusostty

金虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 月只蓝 at 2013-11-04 21:44:37
问题1，我没研究过。
问题2，首先得明确COMPASS力场包含了你的物质，比如COMPASS对无机物覆盖有限；如果要自己拟合力场，得用GULP模块。
问题3，COMPASS力场已经包含LJ参数，如果COMPASS已经覆盖了该物质的话。

谢谢你的回复
假如我用compass力场去模拟MFI对CO2的吸附，并且得到结果 那我应该去哪儿找到LJ参数呢？

再者 如果计算机给出的LJ参数和我查阅的文献不一样呢 我该如何修改？

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
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3楼2013-11-05 08:34:39
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lusostty

金虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by pigrass at 2013-11-06 08:55:45
isotope参照下面更改

嗯 谢谢  我也是这么修改的
但是用dmol优化后发现原子质量并木有改变
sorption模块关于力场、同位素、LJ势能等问题的求助-1
捕获.PNG
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5楼2013-11-06 09:33:12
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pigrass

专家顾问 (著名写手)

伊卡斯特的小猪
★ ★
月只蓝: 金币+2, 感谢指导！ 2013-11-22 14:34:14
确实在输出文件显示了C只有12
不知道是不是因为
STANDARD THERMODYNAMIC QUANTITIES
自动改成稳定的C12

输出文件夹里的模型还是C13的
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#有问题发论坛，不接受私聊#爱晶体，爱MaterialsStudio#MS专辑点击右边#http://emuch.net/taotie/41673.html#物性数据#http://webbook.nist.gov/chemistry/#
6楼2013-11-06 10:00:54
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lusostty

金虫 (小有名气)
引用回帖:
6楼: Originally posted by pigrass at 2013-11-06 10:00:54
确实在输出文件显示了C只有12
不知道是不是因为
STANDARD THERMODYNAMIC QUANTITIES
自动改成稳定的C12

输出文件夹里的模型还是C13的

嗯 是的  所以我就搞不懂它到底改没改变
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7楼2013-11-06 14:26:53
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pigrass

专家顾问 (著名写手)

伊卡斯特的小猪
★ ★ ★ ★ ★
月只蓝: 金币+5, 感谢耐心指导！ 2013-11-22 14:34:28
引用回帖:
7楼: Originally posted by lusostty at 2013-11-06 14:26:53
嗯 是的  所以我就搞不懂它到底改没改变...

我看了下，那段差不多在计算频率结果的位置，所以说计算频率的时候肯定改了。。。其他性质的时候就不知道了。。。

按理来说，input文件应该包含结构信息，但是没找到可以修改的地方。。。

help里也没有同位素和dmol的交叉信息。。。
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lusostty
#有问题发论坛，不接受私聊#爱晶体，爱MaterialsStudio#MS专辑点击右边#http://emuch.net/taotie/41673.html#物性数据#http://webbook.nist.gov/chemistry/#
8楼2013-11-06 16:32:18
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lusostty

金虫 (小有名气)
送红花一朵
引用回帖:
8楼: Originally posted by pigrass at 2013-11-06 16:32:18
我看了下，那段差不多在计算频率结果的位置，所以说计算频率的时候肯定改了。。。其他性质的时候就不知道了。。。

按理来说，input文件应该包含结构信息，但是没找到可以修改的地方。。。

help里也没有同位素 ...

嗯 不管怎样 非常感谢 sorption力场那块你会么 能不能指导一下
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9楼2013-11-06 20:40:37
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ligesi

银虫 (小有名气)
★ ★ ★
月只蓝: 金币+3, 感谢指导！ 2013-11-22 14:34:35
引用回帖:
9楼: Originally posted by lusostty at 2013-11-06 20:40:37
嗯 不管怎样 非常感谢 sorption力场那块你会么 能不能指导一下...

这个问题是这样的，sorption中有不同的原子表示，比如说，对于C原子而言，可以用C-1，C-2，C-3，C-34。。。，因此你可以打开立场文件Standard，用记事本打开Drinding或者其他力场。里面有很多不同的原子表示方式。。现在你只要选择晶包中的某内原子，在右下角Properties-ForceType改成相应的原子类型就可以
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新手驾到，O(∩_∩)O哈哈~
10楼2013-11-21 21:39:29
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