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xufund

至尊木虫 (知名作家)

[交流] [求助]auto dock的安装与使用

想学习auto dock麻烦高手给一个安装与使用说明。谢谢!
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airconditioner

金虫 (正式写手)

请问

请问你说的这个是windows界面安装吗,谢谢
4楼2007-12-12 09:26:55
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普通回帖

yelverxm

金虫 (小有名气)

★ ★ ★
zzgyb(金币+3,VIP+0):谢谢你的帮助!欢迎你继续来计算模拟版解答问题
我今天也在装,这是我老师给我的说明:
WINDOWS INSTALLATION:

    1 - Install Python 2.0.1.
    If you have this version of Python installed skip this step.

        Download the Python-2.0.1.exe file to your desktop and double click on it.
        Follow the installation instruction. We will assume that the interpreter has been installed in the default directory C:\PYTHON20.

    2 - Extract the .zip files in C:\PYTHON20.
    You should now have the Pmv, DejaVu, AutoDockTools ... directories in C:\PYTHON20. If instead you have a pack2.0_win32_acad directory containing Pmv, DejaVu, AutoDockTools etc.. you need to move the entire content of the pack2.0_win32_acad in C:\PYTHON20 in order for your installation to work.

    3- Copy the C:\Python20\extra\glut32.dll in either C:\WINDOWS\SYSTEM32 or C:\WINNT\SYSTEM32.

    4 - Start pmv, adt or viper by double clicking on the either the runPmv.pyw, runAdt.pyw or runViper.pyw icons located in the C:\PYTHON20.
    NOTE: If several python interpreters are installed on the same machine make sure that the file is "Open With" python2.0.1.

    Please go to our Frequently Asked Questions page (http://www.scripps.edu/~sanner/python/FAQ.html) if you have any installation problem. If your problem is not listed send an email to Sophie Coon (sophiec@scripps.edu)
    Thanks for downloading our tools.

我也还没装上,多讨论呀,呵呵
In God we trust
2楼2007-12-12 01:21:49
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xufund

至尊木虫 (知名作家)

我也试试。多谢!以后多交流!
3楼2007-12-12 07:09:36
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luai071

木虫 (著名写手)

★ ★
zzgyb(金币+2,VIP+0):谢谢你的帮助!欢迎你继续来计算模拟版解答问题
autodock 是linux下的程序,安装只要按照“Readme”做就可以了;如果想在window下装,可以先下载一个虚拟机,这样就可以模拟linux界面了。
5楼2007-12-12 13:14:40
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小淫虫808

铁虫 (初入文坛)

真那么简单?i 不信/。。。。
6楼2007-12-12 16:37:15
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yelverxm

金虫 (小有名气)

引用回帖:
Originally posted by luai071 at 2007-12-12 13:14:
autodock 是linux下的程序,安装只要按照“Readme”做就可以了;如果想在window下装,可以先下载一个虚拟机,这样就可以模拟linux界面了。

autodock有windows的吧,我昨天都按照那个说明装上了,但是还没用哦。

蛋白还得先同源建模,然后再做对接
In God we trust
7楼2007-12-13 12:02:01
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luai071

木虫 (著名写手)

引用回帖:
蛋白还得先同源建模,然后再做对接

是啊不管是X衍射测出来的,还是同源模建,反正得有蛋白质的模型
8楼2007-12-13 14:19:57
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xufund

至尊木虫 (知名作家)

auto dock对硬件有哪些要求?硬盘空间多大?内存和显卡呢?
9楼2007-12-13 21:09:52
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wjmed

木虫 (正式写手)

★ ★
zzgyb(金币+2,VIP+0):谢谢您的参与,欢迎您常来计算模拟版解答问题。
AutoDock最新版本是4.0,运算速度慢了很多,如果可以,我建议你最好通过linux进行运算。另外,ADT是需要安装的,这样可以使用其中的python脚本进行输入文件的准备。而且,autodock3中的很多命令在autodock4中已经不能用,这是因为两个版本中输入文件(主要是受体和配体)格式有所不同。

我在论坛中有个帖子是总结这个软件的使用方法:
http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=644156

[ Last edited by wjmed on 2007-12-14 at 11:15 ]
Timeandtidewaitsfornoman!
10楼2007-12-14 08:42:38
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