24小时热门版块排行榜    

查看: 1895  |  回复: 7
当前只显示满足指定条件的回帖,点击这里查看本话题的所有回帖

lemian

木虫 (正式写手)

[求助] 如何从不同测序深度的样品中随机抽取相同数量的序列

我想请教一个问题,我用高通量测了很多样品,每个样品的reads数差别很大,我想在每个样品中随机抽取相同数量的序列进行后续分析(比如每个样品都随机抽取2万个reads)。请问用什么方法或者软件可以实现随机抽取?还请您给出具体操作步骤,最好容易一点的。
回复此楼
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

lemian

木虫 (正式写手)

引用回帖:
4楼: Originally posted by lingonghua at 2013-11-02 17:14:40
虽然我是菜鸟,弱弱问一句,高通量测序给出的reads不是随机的吗,那么,直接从其中剁一块出来就可以了嘛

问题在于你如何“剁”。用手动的方法太费时间。我现在是用SPSS里面的随机抽样来做,也很费时间。
5楼2013-12-04 23:14:52
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 8 个回答

lemian

木虫 (正式写手)

顺便说一下,测序公司给我的数据就是一个OTU的丰度表。
2楼2013-10-28 23:34:29
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

lemian

木虫 (正式写手)

没有人做过吗?

[ 发自小木虫客户端 ]
3楼2013-10-29 11:54:00
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

lingonghua

铁杆木虫 (正式写手)

虽然我是菜鸟,弱弱问一句,高通量测序给出的reads不是随机的吗,那么,直接从其中剁一块出来就可以了嘛
4楼2013-11-02 17:14:40
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考博] 售SCI一区文章,我:8 O5 51O 54,科目齐全 +5 2h7du0nuhk 2026-02-07 6/300 2026-02-08 08:12 by vs90ilomwc
[硕博家园] 售SCI一区文章,我:8 O5 51O 54,科目齐全 +4 2h7du0nuhk 2026-02-07 6/300 2026-02-08 08:07 by vs90ilomwc
[考博] 售SCI一区文章,我:8 O5 51O 54,科目齐全 +4 2h7du0nuhk 2026-02-07 7/350 2026-02-08 08:06 by vs90ilomwc
[教师之家] 售SCI一区文章,我:8 O5 51O 54,科目齐全 +4 2h7du0nuhk 2026-02-07 7/350 2026-02-08 07:52 by vs90ilomwc
[公派出国] 售SCI一区文章,我:8 O5 51O 54,科目齐全 +4 2h7du0nuhk 2026-02-07 8/400 2026-02-08 07:32 by vs90ilomwc
[教师之家] 售SCI一区文章,我:8 O5 51O 54,科目齐全 +4 2h7du0nuhk 2026-02-07 8/400 2026-02-08 07:26 by vs90ilomwc
[硕博家园] 售SCI一区文章,我:8 O5 51O 54,科目齐全 +4 2h7du0nuhk 2026-02-07 8/400 2026-02-08 07:07 by vs90ilomwc
[公派出国] 售SCI一区文章,我:8 O5 51O 54,科目齐全 +3 5lbyq5wrhb 2026-02-07 3/150 2026-02-08 03:05 by vs90ilomwc
[考博] 售SCI一区文章,我:8 O5 51O 54,科目齐全 +3 5lbyq5wrhb 2026-02-07 3/150 2026-02-08 02:52 by vs90ilomwc
[论文投稿] 售SCI一区文章,我:8 O5 51O 54,科目齐全 +3 3rkserf6qr 2026-02-07 4/200 2026-02-08 02:45 by vs90ilomwc
[硕博家园] 售SCI一区文章,我:8 O5 51O 54,科目齐全 +3 3rkserf6qr 2026-02-07 3/150 2026-02-08 02:32 by vs90ilomwc
[硕博家园] 售SCI一区文章,我:8 O5 51O 54,科目齐全 +5 2h7du0nuhk 2026-02-07 5/250 2026-02-08 02:27 by vs90ilomwc
[教师之家] 有院领导为了换新车,用横向课题经费买了俩车 +7 瞬息宇宙 2026-02-04 7/350 2026-02-07 21:47 by tfang
[有机交流] 酰胺脱乙酰基 10+5 chibby 2026-02-03 12/600 2026-02-07 19:29 by 江东闲人
[基金申请] 同年申请2项不同项目,第1个项目里不写第2个项目的信息,可以吗 +4 hitsdu 2026-02-06 4/200 2026-02-07 13:07 by jurkat.1640
[基金申请] 有时候真觉得大城市人没有县城人甚至个体户幸福 +9 苏东坡二世 2026-02-04 10/500 2026-02-07 12:37 by 小毛球
[考博] 天津大学招2026.09的博士生,欢迎大家推荐交流(博导是本人) +4 a793625982 2026-02-05 5/250 2026-02-07 10:57 by a793625982
[公派出国] CSC & MSCA 博洛尼亚大学能源材料课题组博士/博士后招生|MSCA经费充足、排名优 +4 雨念 2026-02-01 6/300 2026-02-06 23:32 by MelissaPon
[基金申请] 面上项目申报 +3 Tide man 2026-02-01 3/150 2026-02-05 22:56 by god_tian
[教师之家] 遇见不省心的家人很难过 +18 otani 2026-02-03 22/1100 2026-02-04 11:06 by tangmnt
信息提示
请填处理意见