24小时热门版块排行榜    

Znn3bq.jpeg
查看: 2006  |  回复: 7
当前只显示满足指定条件的回帖,点击这里查看本话题的所有回帖

lemian

木虫 (正式写手)

[求助] 如何从不同测序深度的样品中随机抽取相同数量的序列

我想请教一个问题,我用高通量测了很多样品,每个样品的reads数差别很大,我想在每个样品中随机抽取相同数量的序列进行后续分析(比如每个样品都随机抽取2万个reads)。请问用什么方法或者软件可以实现随机抽取?还请您给出具体操作步骤,最好容易一点的。
回复此楼
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

lemian

木虫 (正式写手)

引用回帖:
4楼: Originally posted by lingonghua at 2013-11-02 17:14:40
虽然我是菜鸟,弱弱问一句,高通量测序给出的reads不是随机的吗,那么,直接从其中剁一块出来就可以了嘛

问题在于你如何“剁”。用手动的方法太费时间。我现在是用SPSS里面的随机抽样来做,也很费时间。
5楼2013-12-04 23:14:52
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 8 个回答

lemian

木虫 (正式写手)

顺便说一下,测序公司给我的数据就是一个OTU的丰度表。
2楼2013-10-28 23:34:29
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

lemian

木虫 (正式写手)

没有人做过吗?

[ 发自小木虫客户端 ]
3楼2013-10-29 11:54:00
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

lingonghua

铁杆木虫 (正式写手)

虽然我是菜鸟,弱弱问一句,高通量测序给出的reads不是随机的吗,那么,直接从其中剁一块出来就可以了嘛
4楼2013-11-02 17:14:40
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 一志愿浙大生物325分求调剂 +5 zysheng 2026-04-12 5/250 2026-04-12 15:04 by 钰璞
[考研] 313求调剂 +5 余摆摆是大哥 2026-04-11 5/250 2026-04-12 10:34 by 猪会飞
[考研] 求调剂,262机械专硕 +8 嗯yyl 2026-04-08 8/400 2026-04-12 02:31 by 秋豆菜芽
[考研] 药学305求调剂 +8 玛卡巴卡boom 2026-04-10 8/400 2026-04-12 00:07 by zhouwenxian
[考研] 22专硕求调剂 +6 haoyun上岸 2026-04-11 8/400 2026-04-11 23:21 by labixiaoqiao
[考研] 调剂 +4 电气300求调剂不 2026-04-08 7/350 2026-04-11 10:44 by 紫曦紫棋
[考研] 085410-273求调剂 +6 X1999 2026-04-10 6/300 2026-04-11 10:32 by Delta2012
[考研] 265求调剂 +12 风说她早忘了 2026-04-10 13/650 2026-04-10 18:56 by chemisry
[考研] 一志愿华东师范生物学326分,求调剂 +8 刘墨墨 2026-04-09 8/400 2026-04-10 12:00 by pengliang8036
[考研] 考研二轮调剂 +8 故人?? 2026-04-09 8/400 2026-04-10 09:44 by 青梅duoduo
[考研] 347材料专硕求调剂 +19 zj8215216 2026-04-06 19/950 2026-04-10 09:36 by 690616278
[考研] 08工学 309分求调剂 +6 Yin DY 2026-04-08 6/300 2026-04-10 09:18 by Delta2012
[考研] 297求调剂 +27 GENJIOW 2026-04-07 30/1500 2026-04-09 23:20 by wolf97
[考研] 一志愿华工085600 331分 +6 天下ww 2026-04-09 6/300 2026-04-09 18:59 by l_paradox
[考研] 材料专硕初试分332一志愿西北工业大学, +12 故人?? 2026-04-09 12/600 2026-04-09 18:34 by Ccclqqq
[考研] 337求调剂 +4 Gky09300550, 2026-04-09 4/200 2026-04-09 17:18 by 帕尔马拉特
[考研] 考研调剂 +13 冰冰,,, 2026-04-07 13/650 2026-04-09 17:01 by Lilly_Li
[考研] 1U盾记得记得就 +9 sanjin020722 2026-04-08 10/500 2026-04-09 14:11 by 诗与自由
[考研] 材料调剂 +14 一样YWY 2026-04-06 14/700 2026-04-08 23:00 by 猪会飞
[考研] 331求调剂 +8 于征yz 2026-04-05 8/400 2026-04-06 00:54 by fmesaito
信息提示
请填处理意见